George Washington Parke Custis byl vnukem Marty Washingtonové a vyrůstal s Martou a Georgem Washingtonovými. V roce 1802 získal pozemek, na kterém se dnes nachází Arlingtonský národní hřbitov. Začal stavět Arlington House, kde žil se svou ženou Mary Lee Fitzhugh Custisovou. Pozemek a dům daroval jejich jedinému dítěti, které se dožilo dospělosti, Mary Anně Custis Leeové. Ta byla provdána za Roberta E. Leeho, absolventa West Pointu a důstojníka armády Spojených států. Když byla pevnost Fort Sumter na začátku americké občanské války donucena kapitulovat, požádal prezident Abraham Lincoln Leeho, aby se stal generálem federální armády. Lee neodpověděl hned, ale počkal, zda jeho domovský stát Virginie opustí Unii.
Lee opustil federální armádu, když Virginie prohlásila, že opouští Spojené státy. Rozhodl se, že nemůže bojovat proti svému domovskému státu. Stal se vůdcem ozbrojených sil státu Virginie. Poté se stal velitelem Armády Severní Virginie. Lee byl skvělým velitelem a vyhrál několik bitev proti silám Unie. Většina důstojníků Unie si myslela, že Lee porušil slib daný Unii, protože se rozhodl bojovat proti ní. Část Arlingtonu byla rodině Leeových odebrána a stal se z ní hřbitov. Jsou zde pohřbeni převážně mrtví z řad Unie.
Před občanskou válkou nebyly ve Spojených státech velké hřbitovy určené pouze pro vojáky. Významní generálové byli pohřbíváni na Kongresovém hřbitově spolu s dalšími významnými představiteli. Americké vojenské hřbitovy byly potřeba na vzdálených hranicích a v blízkosti bitev a nemocnic, kde umíralo mnoho vojáků. Když mrtví vojáci z občanské války zaplnili pohřebiště poblíž Washingtonu, navrhl v roce 1864 generál proviantní správy Montgomery C. Meigs, aby bylo pro hřbitov zabráno 200 akrů (81 hektarů) pozemků rodiny Roberta E. Leeho v Arlingtonu.
Během občanské války lidé vymýšleli triky, jak zajmout nebo ztížit život Američanům, kteří bojovali na druhé straně války. Vláda vyměřovala daně z nemovitostí a trvala na tom, aby se majitelé dostavili osobně k jejich zaplacení. Pokud se majitel plantáže nedostavil, vláda pozemek prodala. Vláda koupila Arlington při prodeji daní v roce 1864 za 26 800 dolarů. Paní Leeová se osobně nedostavila, ale poslala svého zástupce, aby zaplatil 92,07 dolaru na dani z nemovitosti, kterou za pozemek dlužila. Vláda jejího zástupce odmítla přijmout a odmítla platbu daně přijmout. V roce 1874 zažaloval Custis Lee, dědic podle dědečkovy závěti, kterou předal majetek do správy své matce, Spojené státy a domáhal se vlastnictví Arlingtonu. Poté, co Nejvyšší soud USA rozhodl ve věci Spojené státy v. Lee v poměru 5:4 v Leeův prospěch a rozhodl, že Arlington byl zabrán nezákonně, Kongres mu pozemek vrátil. Následujícího roku jej Custis Lee prodal zpět vládě za 150 000 dolarů. Custis Lee a Robert Todd Lincoln, ministr války a syn prezidenta Lincolna, byli přítomni oficiálnímu předání pozemku vládě.
V roce 2011 hurikán Irene usmrtil na hřbitově šest velkých stromů. V blízkosti hrobu Johna F. Kennedyho spadl 220 let starý Arlingtonský dub.