Po útoku Spojené státy obvinily Al-Káidu, kterou považovaly za teroristickou skupinu. Prezident George W. Bush prohlásil, že zahájí "válku proti terorismu". Měl tím na mysli, že Spojené státy budou dělat více věcí, aby se pokusily terorismus v budoucnu zastavit. Bush řekl, že to má chránit Američany a jejich majetek před teroristy. Například by došlo k reorganizaci americké vlády. Byla posílena bezpečnost a kontrola na veřejných místech, zejména na letištích. Američané byli každý den informováni, zda existuje vážná hrozba terorismu. (Dělo se to tak, že se pro daný den udávala barva. Červená znamenala vysoké riziko, zelená nízké riziko a mezi nimi bylo mnoho stupňů).
Válka proti terorismu vedla také ke skutečným válkám. Vůdce Al-Káidy Usáma bin Ládin žil v Islámském státu Afghánistán. Spojené státy řekly afghánské vládě zvané Taliban, aby jim bin Ládina vydala. Taliban to neudělal. Vůdce Talibanu, mulla Muhammad Omar, požadoval od vlády Spojených států důkaz. Pokud důkaz nedostane, mulla Omar prohlásil, že bin Ládina nevydá. Prezident George W. Bush prohlásil, že důkaz poskytnout nepotřebuje. Spojené státy poté zahájily válku proti Afghánistánu. Taliban byl odstaven od moci, k moci byla dosazena nová vláda a afghánský lid si zvolil nového prezidenta.
Během toho se vláda Spojených států v několika ohledech změnila. Ministerstvo dopravy Spojených států (DOT) vytvořilo Úřad pro bezpečnost dopravy (TSA). Před 11. zářím 2001 zajišťovaly bezpečnost na amerických letištích letecké společnosti. TSA se stala vládním úkolem zajišťovat bezpečnost na letištích. TSA najala nové policisty, kteří pracovali na letištích a létali v letadlech jako letečtí maršálové. TSA zajišťuje také bezpečnost v amerických vlacích a metru. Vzniklo také nové ministerstvo vnitřní bezpečnosti. Jeho úkolem se stala ochrana Američanů a jejich majetku uvnitř Spojených států. Když bylo toto oddělení vytvořeno, TSA se přesunula z ministerstva dopravy pod ministerstvo vnitřní bezpečnosti.
Po porážce Talibanu se prezident George W. Bush domníval, že by USA měly napadnout Irák. Domníval se, že Irák pomáhá teroristickým skupinám, včetně Al-Káidy. Tvrdil, že má důkazy o tom, že Irák také vyrábí zbraně hromadného ničení. Vyslal ministra zahraničí Colina Powella do OSN, aby jim některé důkazy ukázal. V březnu 2003 zahájily Spojené státy invazi do Iráku. (Invaze se zúčastnily i další čtyři země, včetně Velké Británie, Austrálie, Polska a Dánska). Irácká vláda byla svržena a irácký lid si zvolil novou vládu. V Iráku nebyly nalezeny žádné zbraně hromadného ničení.
2. května 2011 jednotky amerického námořnictva SEAL zabily vůdce Al-Káidy Usámu bin Ládina, který vedl mimo jiné teroristické útoky z 11. září 2001.