Americká občanská válka se odehrávala ve třech důležitých oblastech neboli "divadlech". Východní divadlo zahrnovalo celé území na východ od Appalačského pohoří. Západní divadlo zahrnovalo území mezi Apalačskými horami a řekou Mississippi a podél této řeky. Transmissippské divadlo zahrnovalo území na západ od řeky Mississippi.
Jak Spojené státy, tak Konfederace měly svá hlavní města na východním divadle. Washington byl hlavním městem USA od roku 1800. Když se Jih oddělil, jmenoval jako hlavní město Konfederace nejprve Montgomery v Alabamě, ale brzy se změnilo na Richmond ve Virginii. Richmond a Washington jsou od sebe vzdáleny jen asi 90 mil (145 km). Ve Virginii se odehrála jedna z prvních bitev války. Tato první bitva u Bull Runu se odehrála 21. července 1861. Konfederace v bitvě zvítězila. Armáda Potomacké unie se poté na jaře roku 1862 pokusila dobýt Richmond v rámci poloostrovního tažení. V této době převzal velení armády Severní Virginie Robert E. Lee a armádu Unie porazil. V srpnu 1862 pak zvítězil ve druhé bitvě u Bull Runu. Lee se pokusil vyhrát válku invazí do Marylandu. Když prohrál bitvu u Antietamu, stáhl se zpět do Virginie.
V americké občanské válce se vedlo mnoho námořních bojů, ale námořnictvo Unie bylo mnohem silnější. Lincoln uvrhl Konfederaci do blokády, což znamenalo, že námořnictvo Unie nepustí žádné lodě do jižanských přístavů ani z nich. Konfederace používala lodě zvané blockade runners, které dovážely věci z Evropy. Mezi věci, které Konfederace přivezla, patřily i zbraně. Námořnictva obou stran bojovala také na řekách. Mezi lodě patřily ironclads, které byly chráněny železem na bocích, a cottonclads, které používaly po bocích bavlnu. Během bitvy u Hampton Roads bojovala konfederační železná loď Virginia proti unijní železné lodi Monitor. Bylo to poprvé ve světové historii, kdy proti sobě bojovaly dvě železné kolosy.
Na západním válčišti se většina bojů odehrávala podél řeky Mississippi. Ulysses S. Grant byl důležitým generálem Unie na západě. V létě roku 1861 se Konfederace pokusila vyslat své vojáky do státu Kentucky. Během prvních měsíců roku 1862 donutila armáda Unie konfederáty k ústupu z Kentucky a ze západního Tennessee. Konfederáti se pokusili získat zpět západní Tennessee útokem na Grantovu armádu v bitvě u Shilohu. Grant v bitvě zvítězil. Konfederáti se pak na podzim roku 1862 pokusili vyslat své vojáky do východního Kentucky. Po prohrané bitvě u Perryville Kentucky opustili.
Sever získal kontrolu nad téměř celou řekou Mississippi. To se podařilo dobytím měst podél řeky na podzim 1862 a na jaře 1863. Konfederace však stále držela Vicksburg, důležité město a pevnost. Pokud by Konfederace město udržela, mohla by přesouvat vojáky a zásoby z jednoho břehu řeky na druhý. Grant zahájil obléhání Vicksburgu během května 1863. Obléhání trvalo dlouho. Dne 4. července 1863 se Konfederace ve Vicksburgu vzdala Grantovi. To byl jeden ze zlomových bodů války, protože rozdělil Konfederaci na dvě části.
Bitvy se odehrávaly také na západ od údolí řeky Mississippi, v transmissippském divadle. Dvěma významnými bitvami byly například bitva u Wilson's Creeku a bitva u Pea Ridge. V únoru a březnu 1862 se Konfederace pokusila vtrhnout do Nového Mexika, ale byla poražena v bitvě u průsmyku Glorieta. Poté, co Unie dobyla Vicksburg, se tato oblast oddělila od ostatních států Konfederace. Po dobytí Vicksburgu došlo v této oblasti k dalším bitvám.
Během obléhání Vicksburgu na západě došlo na východě k dalšímu zlomu. Po několika vyhraných bitvách se Lee rozhodl znovu vtrhnout na sever. Lee a jeho Armáda Severní Virginie vstoupili do Pensylvánie. Armáda Konfederace se setkala s armádou Unie poblíž Gettysburgu v Pensylvánii. Obě armády svedly bitvu u Gettysburgu. Tato bitva trvala tři dny: 1. až 3. července 1863. U Gettysburgu padlo více vojáků než v kterékoli jiné bitvě občanské války. V bitvě zvítězila Unie. Tím zastavila invazi konfederační armády na Sever. Lee a jeho vojska byli zatlačeni zpět na jih.
Poté prezident Lincoln rozhodl, že Grant je jeho nejlepším generálem. Pověřil Granta řízením všech armád Unie. Lincoln také jmenoval Williama T. Shermana generálem velícím vojskům Unie v Georgii. Grant vedl mnoho útoků na Leeovu armádu. Tyto bitvy tvořily tzv. pozemní tažení. Sherman mezitím vypálil Atlantu a Savannah. Tím se snažil oslabit Jih a ztížit obyvatelům Jihu zásobování konfederační armády potravinami a dalšími potřebami. Sherman poté táhl na sever přes Jižní a Severní Karolínu. Konfederační generál Joseph E. Johnston zaútočil na Shermana v bitvě u Bentonville. Sherman v bitvě zvítězil.
Lee se ve Virginii držel tak dlouho, jak jen mohl. Nakonec se rozhodl, že má příliš málo vojáků na to, aby pokračoval v boji proti Unii, která měla více vojáků a zásob. Lee kapituloval Grantovi 9. dubna 1865 poblíž Appomattox Court House. Po Leeově kapitulaci se vzdalo i mnoho dalších konfederačních armád. Posledním konfederačním generálem, který se vzdal, byl brigádní generál Stand Watie. Vzdal se 23. června 1865 v Oklahomě.
Po skončení války prezident Lincoln omilostnil všechny vojáky Konfederace. To znamenalo, že vojáci Konfederace nebudou zatčeni ani potrestáni za boj proti Unii. Jižanské státy se mohly opět připojit ke Spojeným státům. Někteří konfederáti se však do Spojených států vrátit nechtěli. Někteří z nich se přestěhovali do Mexika nebo Brazílie.
