Na konci jury byla tato oblast souostrovím na okraji moře Tethys. Patřily sem klidné laguny, které měly omezený přístup na otevřené moře, protože byly obklopeny korálovými útesy. Odtok vody z pevniny byl nízký a pod vlivem slunce docházelo k vysokému odpařování. Slanost stoupala tak vysoko, že vzniklý solný roztok nemohl podporovat život, s výjimkou horní části vodního sloupce.
Nejníže položená voda byla nejen velmi slaná, ale také hypoxická: měla velmi nízký obsah kyslíku. To bylo způsobeno nedostatečným promícháním vody. Na dně laguny chybělo mnoho běžných mrchožroutů. Ze stavu vody vyplývá, že téměř všichni zkamenělí živočichové v laguně nežili. Musela žít na souši, ve vzduchu nebo na moři za útesem. Když pak zemřeli, spadli, byli unášeni nebo spláchnuti do laguny ze vzduchu, z oceánu nebo ze souše. Občasné bouře na moři zabíjely létající živočichy a unášely ryby nad útes v suspenzi jemně rozptýleného vápna. Tam se těla potopila do mrtvé zóny a zakonzervovala se.
Jakmile se těla dostala do laguny, byla pohřbena v měkkém karbonátovém bahně. Mnoho křehkých tvorů se tak vyhnulo konzumaci mrchožrouty nebo roztrhání proudy. Zachovala se křídla vážek, otisky zbloudilých per a suchozemské rostliny, které byly vyplaveny do lagun.
"Rozmanitost a počet známých zkamenělin je ošidný. Výskyt zkamenělin je poměrně nízký. Pracovník může skutečně těžit celý den a nenajde ani jednu. Díky stovkám let lomů se zdají být tak zdánlivě běžné".
Rozsah fosilních druhů poskytuje ucelený obraz místního jurského ekosystému. V některých obdobích laguny téměř vyschly a obnažily lepkavé karbonátové bahno, v němž se zachytil hmyz a dokonce i několik malých dinosaurů. Bylo identifikováno více než 600 druhů. Bylo nalezeno sedm rodů a až 29 druhů pterosaurů. To naznačuje, že v tomto ekosystému byli pterosauři běžnější a rozmanitější než ptáci. Velikost pterosaurů se pohybovala od velikosti vrabce až po 1,2 m délky.
Jemnozrnná struktura bahnitého kalu, který tvoří vápenec, je ideální pro výrobu litografických desek pro tisk ilustrací. Rozsáhlá těžba v 19. století odhalila mnoho nálezů zkamenělin, což připomíná název Archaeopteryx lithographica, jehož všechny exempláře pocházejí z těchto nalezišť. Za nejbližší moderní obdobu solnhofenských podmínek se považuje Orca Basin v severní části Mexického zálivu, i když tato oblast je mnohem hlubší než solnhofenské laguny.
