Tři nejuniverzálnější znaky, kterými se vyznačují moderní měkkýši, jsou:
- plášť s dutinou, která slouží k dýchání a vylučování,
- přítomnost raduly a
- struktura nervového systému.
Kromě těchto věcí jsou měkkýši tak rozmanití, že mnoho učebnic používá pro jejich shrnutí "hypotetického předka měkkýše" (viz níže). Ten má na vrcholu jedinou, "limpetovitou" schránku, která je tvořena bílkovinami a chitinem vyztuženým uhličitanem vápenatým. Vylučuje ji plášť pokrývající celý horní povrch. Spodní stranu živočicha tvoří jediná svalnatá "noha".
Měkkýši mají na začátku potravní ústrojí, které se nazývá "jazyk", tzv. radula. Složitý trávicí systém využívá hlen a mikroskopické, svaly poháněné "chloupky" zvané řasinky. Obecný měkkýš má dva párové nervové provazce, u mlžů tři. Mozek u druhů, které ho mají, obíhá kolem jícnu. Většina měkkýšů má oči a všichni mají senzory pro detekci chemických látek, vibrací a dotyku. Nejjednodušší typ rozmnožovacího systému měkkýšů spočívá ve vnějším oplodnění, ale vyskytují se i složitější varianty. Všichni produkují vajíčka, z nichž se mohou vylíhnout larvy trochoforů, složitější larvy veligerů nebo miniaturní dospělci.
Pozoruhodným rysem měkkýšů je používání stejného orgánu pro více funkcí. Například srdce a nefridie ("ledviny") jsou důležitými součástmi rozmnožovací soustavy, stejně jako oběhové a vylučovací soustavy. U mlžů žábry jednak "dýchají", jednak vytvářejí vodní proud v plášťové dutině: to je důležité pro vylučování a rozmnožování. Při rozmnožování mohou měkkýši měnit pohlaví, aby se přizpůsobili druhému partnerovi pro rozmnožování.
Existují dobré důkazy o výskytu plžů, hlavonožců a mlžů v období kambria před 541 až 485,4 miliony let (mya). Předtím je evoluční historie vzniku měkkýšů z předků Lophotrochozoa stále nejasná.
Druhy měkkýšů mohou také představovat nebezpečí nebo škůdce pro lidskou činnost. Kousnutí chobotnice modrokřídlé je často smrtelné a kousnutí chobotnice Octopus apollyon způsobuje zánět, který může trvat déle než měsíc. Žihadla několika druhů velkých tropických šištic mohou rovněž zabíjet: jejich jed se stal důležitým nástrojem v neurologickém výzkumu. Schistosomóza (známá také jako bilharzie, bilharzióza nebo hlemýždí horečka) se na člověka přenáší prostřednictvím hostitelů z řad vodních plžů a postihuje asi 200 milionů lidí. Hlemýždi a plži mohou být také vážnými zemědělskými škůdci a náhodné nebo úmyslné zavlečení některých druhů plžů do nových prostředí vážně poškodilo některé ekosystémy.