Znaky bez funkce
Ne všechny vlastnosti organismu jsou adaptací. Možná bude potřeba terénní výzkum nebo pokusy, abychom zjistili, zda má nějakou funkci v životě druhu.
Adaptace obvykle odrážejí minulý život druhu. Pokud druh nedávno změnil svůj životní styl, může se kdysi cenná adaptace stát zanikajícím pozůstatkem. Zvířata, která žijí v tmavých jeskyních, často během dlouhé doby ztratí své barvy a zrak.
Důvody mohou být různé. Ztráta struktury a funkce může být pozitivní adaptací, která šetří energii a materiál. Může však jít o pouhý vedlejší produkt genů vybraných pro jiné funkce (pleiotropie). Nebo může být struktura spojena ve vývoji a ovlivněna selekcí pro nějakou jinou strukturu.
Obecně platí, že všechny adaptace, které již nejsou užitečné, se buď stávají vestigiálnímiorgány (viz vermiformní apendix), nebo mohou být vybrány a přizpůsobeny jiným funkcím (viz ušní kůstky).
Adaptace s více funkcemi
Mnoho adaptací plní více než jednu funkci. To je často důvodem, proč se některé znaky stanou tak nápadnými, že téměř definují daný druh. Nohy koně jsou také hlavní obranou: koňský kop je velmi ničivý. Parohy jeleních samců plní sexuální funkci i obranu proti predátorům. Velký mozek člověka slouží nejen k řeči, ale také k myšlení a řešení problémů. Ptačí peří neslouží jen k létání; je základem jeho tepelné ochrany, regulace teploty a signalizace.
Kompromis a konflikt mezi adaptacemi
Je hlubokou pravdou, že příroda neví všechno nejlépe, že genetická evoluce... je příběhem plýtvání, provizoria, kompromisů a omylů. Peter Medawar.
Adaptace nejsou nikdy dokonalé. Vždy existují kompromisy mezi různými funkcemi a strukturami v těle. Organismus jako celek žije a rozmnožuje se, a proto je to kompletní soubor adaptací, který se předává dalším generacím.
Všechna přizpůsobení mají i své stinné stránky: koňské nohy jsou skvělé pro běhání po trávě, ale nemohou se škrábat na zádech; srst savců pomáhá regulovat teplotu, ale poskytuje prostor pro ektoparazity. Kompromisy a náhražky se vyskytují ve velké míře, nikoliv dokonalost. Selekční tlaky působí různými směry a výsledná adaptace je určitým druhem kompromisu.
Vzhledem k tomu, že cílem selekce je fenotyp jako celek, není možné zlepšit současně všechny aspekty fenotypu ve stejné míře. Ernst Mayr. p589
Pávi
Kamufláž, která má zabránit odhalení, je zničena, když se v době páření objeví živé barvy. Riziko ohrožení života je zde vyváženo potřebou rozmnožování. Známou adaptací je okrasná vlečka pávů (která se v každém období páření pěstuje znovu). Musí omezovat jeho manévrovací schopnosti a let a je nesmírně nápadná; její růst navíc stojí zdroje potravy.
Darwin vysvětloval její výhodu pohlavním výběrem: "závisí na výhodě, kterou mají určití jedinci oproti jiným jedincům stejného pohlaví a druhu ve vztahu k rozmnožování". Druh pohlavního výběru, který představuje páv, se nazývá "výběr partnera", což znamená, že tento proces vybírá vhodnější jedince oproti méně vhodným, a má tak hodnotu pro přežití. V praxi je páv modrý (Pavo cristatus) poměrně úspěšným druhem s velkým přirozeným areálem v Indii, takže celkový výsledek jeho párovacího systému je docela životaschopný.
Narození člověka
Velikost mozku lidského plodu při narození znamená, že mozek novorozence je poměrně nezralý. Mozek novorozence nemůže být větší než asi 400 cm3, jinak se nedostane přes pánev matky. Přitom velikost potřebná pro mozek dospělého člověka je asi 1400 cm3.
Nejdůležitější věci v lidském životě (pohyb, řeč) musí počkat, než mozek vyroste a dozraje. To je výsledek kompromisu při narození. Velká část problému pramení z našeho vzpřímeného dvojnožce, bez kterého by naše pánev mohla být pro porod vhodněji tvarovaná. Podobný problém měli i neandrtálci.
Změna funkce v čase
Funkce znaku se může v průběhu času měnit a často se mění. K popisu tohoto jevu se používá několik termínů: preadaptace, exaptace, kooptace. "Preadaptace" je nejčastěji používaný termín, kdy se u již existující struktury nebo znaku zděděného po předkovi vyvine jiná funkce. Tento termín používali Julian Huxley a Ernst Mayr. Termín "pre-" neznamená žádnou předvídavost, znamená pouze, že adaptace již byla k dispozici a sloužila nějaké starší funkci. "Exaptace" bylo slovo Stephena J. Goulda.
Jedním z příkladů preadaptace jsou dinosauři, u nichž se peří vyvinulo s funkcí tepelné izolace a zobrazování dlouho předtím, než je první ptáci začali používat k letu. Potní žlázy u savců se později přeměnily na mléčné žlázy. Dalším příkladem je dlouhá cesta ušních boltců savců, které začaly v žaberních krytech dávných ryb, pak se staly součástí spodní čelisti plazů a posléze se staly součástí vnitřního ucha savců. Dalším příkladem jsou křídla tučňáků. Kdysi sloužila k létání, nyní slouží k "létání" pod vodou.
Změna funkce orgánů a struktur je v evoluci velmi častá. Mnoho funkcí čtyřnožců (suchozemských obratlovců) se vyvinulo z funkcí s různými funkcemi u předků lalokoploutvých ryb (Sarcopterygii).
