Speciace je o tom, jak se druhy formují. Je hlavní součástí evoluční biologie.

Darwin se domníval, že většina druhů vznikla přímo z již existujících druhů. Tomu se říká anageneze: druhy se mění nebo "fyletická evoluce". Po většinu 20. století jsme si mysleli, že většina druhů vznikla rozdělením předchozích druhů: kladogeneze. Obecně panoval názor, že většinu rozdělení druhů způsobují nebo jim na jejich cestě pomáhají izolační mechanismy.

Hlavním faktorem je bezpochyby fyzické oddělení druhů, které kdysi žily společně. Dokládá to mnoho příkladů, z nichž některé jsou popsány níže.

Práce z posledních 20 let však ukázaly i jiné příčiny. Analýza sekvence DNA živých organismů ukázala, že mezi příbuznými druhy často dochází ke křížení. To znamená, že při tomto křížení došlo k přenosu genů. To zase znamená, že reprodukční izolace není jedinou definicí druhu a speciace nemusí vždy vyžadovat alopatrii (druhy musí být reprodukčně odděleny). Následující části ilustrují myšlenku, že fyzická separace měla při vzniku nových druhů prvořadý význam.