Hmotnostní spektrometr se obvykle používá jedním ze dvou způsobů: Plné skenování nebo selektivní monitorování iontů (SIM). Typický GC-MS může pracovat buď samostatně, nebo oběma způsoby současně.
Úplné skenování MS
Při sběru dat v režimu úplného skenování se vybere cílový rozsah hmotnostních fragmentů a vloží se do metody přístroje. Příkladem typického širokého rozsahu sledovaných hmotnostních fragmentů je m/z 50 až m/z 400. Určení rozsahu, který se má použít, je do značné míry dáno tím, co se očekává ve vzorku, přičemž je třeba brát v úvahu rozpouštědlo a další možné interference. Pokud MS hledá hmotnostní fragmenty s velmi nízkými m/z, může detekovat vzduch nebo jiné možné rušivé faktory. Použití velkého rozsahu skenování snižuje citlivost přístroje. Přístroj provede méně skenů za sekundu, protože každý sken zabere více času na detekci širšího rozsahu hmotnostních fragmentů.
Úplné skenování je užitečné při stanovení neznámých sloučenin ve vzorku. Poskytuje více informací než SIM, pokud jde o potvrzení nebo rozlišení sloučenin ve vzorku. Většina přístrojů je řízena počítačem, který obsluhuje počítačový program nazývaný "přístrojová metoda". Přístrojová metoda řídí teplotu v GC, rychlost MS skenování a rozsah detekovaných velikostí fragmentů. Když chemik vyvíjí přístrojovou metodu, posílá testovací roztoky přes GS-MS v režimu plného skenování. Tím se zkontroluje retenční čas GC a otisk hmotnostního fragmentu před přechodem na přístrojovou metodu SIM. Specializované přístroje GC-MS, jako jsou detektory výbušnin, mají přístrojovou metodu předinstalovanou z výroby.
Monitorování vybraných iontů
Při monitorování vybraných iontů (SIM) se přístrojová metoda zaměřuje na určité iontové fragmenty. Hmotnostní spektrometr detekuje pouze tyto fragmenty. Výhodou metody SIM je nižší detekční limit, protože přístroj při každém skenování sleduje pouze malý počet fragmentů (např. tři fragmenty). Každou sekundu může proběhnout více skenů. Protože se sleduje pouze několik hmotnostních fragmentů, které jsou předmětem zájmu, jsou matricové interference obvykle nižší. Aby se zvýšila šance na správné odečtení pozitivního výsledku, jsou poměry iontů různých hmotnostních fragmentů srovnatelné se známým referenčním standardem.
Typy ionizace
Poté, co molekuly projdou celou délkou kolony, projdou přenosovou linkou a vstoupí do hmotnostního spektrometru, jsou různými metodami ionizovány. Obvykle se v daném okamžiku používá pouze jedna ionizační metoda. Jakmile je vzorek fragmentován, je detekován, obvykle pomocí elektronové násobicí diody. Dioda zpracovává ionizovaný hmotnostní fragment jako elektrický signál, který je následně detekován.
Chemici si vybírají ionizační techniku odděleně od výběru monitorování Full Scan nebo SIM.
Ionizace elektronů
Nejběžnějším typem ionizace je elektronová ionizace (EI). Molekuly vstupují do MS (zdrojem je kvadrupól nebo samotná iontová past v MS s iontovou pastí), kde na ně dopadají volné elektrony emitované z vlákna. To je podobné vláknu, které se nachází v běžné žárovce. Elektrony dopadají na molekuly a způsobují jejich fragmentaci charakteristickým způsobem, který se může opakovat. Tato technika "tvrdé ionizace" vede ke vzniku většího počtu fragmentů s nízkým poměrem hmotnosti a náboje (m/z). EI má jen málo fragmentů, pokud vůbec nějaké, které mají hmotnost blízkou hmotnosti původní molekuly. Chemici považují tvrdou ionizaci za vystřelování elektronů do molekul vzorku. Naproti tomu "měkká ionizace" je přivedení náboje na molekulu vzorku tím, že na ni dopadne zavedený plyn. Vzor fragmentace molekul závisí na energii elektronů aplikované na systém, obvykle 70 eV (elektronvoltů). Použití 70 eV pomáhá porovnat spektra generovaná ze zkušebního vzorku se známými spektry z knihovny. (Knihovní spektra mohou pocházet ze softwaru dodaného výrobcem nebo ze softwaru vyvinutého Národním institutem pro standardy (NIST-USA)). Software prohledává spektra z knihovny pomocí porovnávacího algoritmu, jako je například porovnávání na základě pravděpodobnosti nebo porovnávání pomocí bodového součinu. Tyto algoritmy a metody nyní kontroluje mnoho agentur pro standardizaci metod, aby byla zajištěna jejich objektivita.
Chemická ionizace
Při chemické ionizaci (CI) se do hmotnostního spektrometru přivádí plynné činidlo, obvykle metan nebo amoniak. Existují dva typy CI: pozitivní CI nebo negativní CI. V obou případech reagenční plyn interaguje s elektrony a analytem a způsobí "měkkou" ionizaci molekuly, která je předmětem zájmu. Měkčí ionizace fragmentuje molekulu v nižší míře než tvrdá ionizace EI. Chemici dávají přednost CI před EI. Je to proto, že CI vytváří alespoň jeden hmotnostní fragment, jehož hmotnost je téměř stejná jako molekulová hmotnost analytu, který je předmětem zájmu.
Pozitivní chemická ionizace
Při pozitivní chemické ionizaci (PCI) reagující plyn interaguje s cílovou molekulou, nejčastěji výměnou protonů. Tím vzniká iontový druh v relativně vysokém množství.
Negativní chemická ionizace
Při negativní chemické ionizaci (NCI) snižuje plynné činidlo dopad volných elektronů na cílový analyt. Tato snížená energie obvykle zanechává fragment ve velké zásobě. (Fragmenty se dále nerozpadají.)
Výklad
Hlavním cílem přístrojové analýzy je změřit množství látky. To se provádí porovnáním relativních koncentrací mezi atomovými hmotnostmi v generovaném hmotnostním spektru. Jsou možné dva druhy analýzy, srovnávací a původní. Srovnávací analýza v podstatě porovnává dané spektrum s knihovnou spekter, aby zjistila, zda se jeho charakteristiky vyskytují u některého známého vzorku v knihovně. Tuto analýzu je nejlépe provádět pomocí počítače, protože v důsledku změn měřítka může dojít k mnoha vizuálním zkreslením. Počítače mohou také korelovat více údajů (například retenční časy identifikované GC), aby bylo možné přesněji propojit určité údaje.
Další metoda analýzy měří vrcholy ve vzájemném vztahu. Při této metodě je nejvyšší vrchol nastaven na 100 %. Ostatním píkům se přiřadí hodnota rovnající se poměru výšky píku k výšce nejvyššího píku. Všechny hodnoty vyšší než 3 % jsou přiřazeny. Celková hmotnost neznámé sloučeniny se obvykle udává podle mateřského píku. Hodnotu tohoto mateřského píku lze použít k dosazení do chemického vzorce obsahujícího různé prvky, o nichž se předpokládá, že jsou ve sloučenině obsaženy. Izotopový vzorec ve spektru je jedinečný pro prvky, které mají mnoho izotopů. Lze jej tedy také použít k identifikaci různých přítomných prvků. To vypovídá o celkovém chemickém vzorci neznámé molekuly. Protože se struktura molekuly a vazby rozpadají charakteristickými způsoby, lze je identifikovat na základě rozdílu v hmotnostech píků. Identifikovaná struktura molekuly musí být v souladu s charakteristikami zaznamenanými pomocí GC-MS. Obvykle se tato identifikace provádí automaticky pomocí počítačových programů dodávaných s přístrojem. Tyto programy porovnávají spektra s knihovnou známých sloučenin, které mají stejný seznam prvků, jež by mohly být přítomny ve vzorku.
Analýza "celého spektra" bere v úvahu všechny "vrcholy" ve spektru. Selektivní monitorování iontů (SIM) však sleduje pouze vybrané píky spojené s určitou látkou. Chemici předpokládají, že v daném retenčním čase je pro určitou sloučeninu charakteristický soubor iontů. SIM je rychlá a účinná analýza. SIM funguje nejlépe, pokud má analytik předchozí informace o vzorku nebo pokud hledá pouze několik konkrétních látek. Když se množství shromážděných informací o iontech v daném píku plynové chromatografie sníží, citlivost analýzy se zvýší. Analýza SIM tedy umožňuje detekovat a měřit menší množství sloučeniny. Snižuje se však míra jistoty o identitě této sloučeniny.
GC-tandemová MS
Pokud se přidá druhá fáze hmotnostní fragmentace, například pomocí druhého kvadrupólu v kvadrupólovém přístroji, nazývá se tandemová MS (MS/MS). MS/MS jsou vhodné pro měření nízkých hladin cílových sloučenin ve vzorku s matricí sloučenin v pozadí, které nejsou předmětem zájmu.
První kvadrupól (Q1) je spojen s kolizní buňkou (q2) a dalším kvadrupólem (Q3). Oba kvadrupóly lze použít ve skenovacím nebo statickém režimu v závislosti na typu použité MS/MS analýzy. Mezi typy analýzy patří skenování produktových iontů, skenování prekurzorových iontů, monitorování vybraných reakcí (SRM) a skenování neutrálních ztrát. Např: Pokud je Q1 ve statickém režimu (sleduje se pouze jedna hmotnost jako v SIM) a Q3 je v režimu skenování, získá se tzv. produktové iontové spektrum (nazývané také "dceřiné spektrum"). Z tohoto spektra lze vybrat výrazný produktový ion, který může být produktovým iontem pro zvolený prekurzorový ion. Tato dvojice se nazývá "přechod" a tvoří základ pro SRM. SRM je vysoce specifická a téměř zcela eliminuje matricové pozadí.