Od počátku existence vakcín se objevovali lidé, kteří s jejich používáním nesouhlasili. Na celém světě se většina vědců a lékařů shoduje, že přínosy používání vakcín jsou mnohem větší než rizika. Nežádoucí účinky vakcín jsou vzácné. Neočkování lidí představuje mnohem větší riziko, protože vakcíny zabraňují utrpení a úmrtí na infekční nemoci.
V souvislosti s používáním vakcín se vedou spory, například o tom, zda jsou vakcíny bezpečné, o množství výzkumu a o tom, zda je morálně správné nutit lidi k očkování.
Některé náboženské skupiny nepovolují používání vakcín.
Některé politické skupiny tvrdí, že lidé by měli mít možnost se rozhodnout, zda se nechají očkovat, nebo ne. Tvrdí, že zákony, které vyžadují, aby se lidé nechali očkovat, porušují práva jednotlivce. V reakci na to jedna studie uvádí: "Odmítnutí očkování nezvyšuje pouze individuální riziko onemocnění, ale zvyšuje také riziko pro celou komunitu".
Někteří rodiče se rozhodnou nedodržovat pravidelné očkovací schéma pro své děti. Jedna studie se zabývala rodiči dětí ve věku od šesti měsíců do šesti let. Zjistila, že 13 % těchto rodičů uvedlo, že dodržuje alternativní očkovací schéma. Z těchto rodičů však méně než 1 z 5 uvedl, že odmítá všechny vakcíny. Většina z nich odmítala pouze některé vakcíny a/nebo některé vakcíny odkládala, dokud dítě nebylo starší.
Rodiče, kteří odkládají očkování až do vyššího věku dítěte, se často obávají, že imunitní systém jejich dítěte je příliš mladý a slabý na to, aby zvládl očkování mnoha vakcínami najednou.
