Bakterie (sing. bacterium) jsou velmi malé organismy. Jsou to prokaryotické mikroorganismy. Bakteriální buňky nemají jádro a většina z nich nemá kolem sebe organely s membránami. Většina z nich má buněčnou stěnu. Mají DNA a jejich biochemie je v podstatě stejná jako u ostatních živých organismů. Patří mezi nejjednodušší a nejstarší organismy. Fungují jako samostatné organismy.
Téměř všechny bakterie jsou tak malé, že je lze pozorovat pouze mikroskopem. Bakterie jsou tvořeny jednou buňkou, jsou tedy druhem jednobuněčného organismu. Patří mezi nejjednodušší jednobuněčné organismy na Zemi a byly jednou z prvních forem života. Patří mezi ně řada extrémofilů, kteří žijí v extrémních prostředích.
Jednotlivých bakterií je pravděpodobně více než jakýchkoli jiných organismů na planetě. Většina bakterií žije v zemi nebo ve vodě, ale mnoho jich žije uvnitř nebo na kůži jiných organismů, včetně člověka. V těle každého z nás je přibližně 1:1 bakteriálních buněk jako lidských buněk. Některé bakterie mohou způsobovat nemoci, ale jiné nám pomáhají při každodenních činnostech, jako je trávení potravy (střevní flóra). Některé pro nás dokonce pracují v továrnách, kde vyrábějí sýry a jogurty.
Zakladatelem bakteriologie byl německý biolog Ferdinand Cohn (1828-1898). Publikoval první biologickou klasifikaci bakterií na základě jejich vzhledu.
