Hantuchová se stala profesionální tenistkou v roce 1989, když jí bylo 15 let. Začala trénovat na Floridě, ale stále se vracela studovat do Bratislavy. Svůj první turnaj WTA vyhrála v roce 2000, a to titul ve čtyřhře, který získala v Bratislavě. V roce 2001 hrála svůj první grandslamový turnaj na Australian Open. Hantuchová ve svém prvním zápase v Austrálii prohrála s ruskou hráčkou Annou Kournikovovou. Vyhrála však turnaj ve smíšené čtyřhře, kde hrála s českým hráčem Leošem Friedlem. Hantuchová vyhrála svou druhou soutěž WTA ve čtyřhře, když zvítězila s ruskou hráčkou Jelenou Bovinovou v Lucemburku. Rok zakončila v první stovce žebříčku a od Ženské tenisové asociace (WTA) získala ocenění pro nejlepší novou hráčku roku 2001.
V roce 2002 prohrála Hantuchová ve čtvrtfinále Wimbledonu i US Open. Ve smíšené čtyřhře na Australian Open však zvítězila po boku Zimbabwana Kevina Ullyetta. V Austrálii obsadila rovněž druhé místo ve čtyřhře, když hrála se Španělkou Arantxou Sanchezovou Vicariovou. Ve stejné sezóně prohrála s Ullyettem finále smíšené čtyřhry ve Wimbledonu. Vyhrála však svůj první turnaj WTA ve dvouhře, když na turnaji Masters v kalifornském Indian Wells porazila Švýcarku Martinu Hingisovou. Vyhrála také další dva turnaje WTA ve čtyřhře, a to na Floridě a v Connecticutu ve Spojených státech. V obou případech zvítězila s Arantxou Sanchezovou Vicariovou. Hantuchová zakončila sezónu v první desítce a od WTA získala ocenění pro nejlépe se zlepšující hráčku roku 2002. V lednu 2003 byla Hantuchová pátou nejlepší tenistkou světa. Od června 2008 je to její nejlepší výsledek. Později v roce 2003 se rozešla se svým anglickým trenérem Nigelem Searsem.
Sears Hantuchovou trénoval i v letech 2004 a 2005, kdy vyhrála smíšenou čtyřhru na French Open a US Open. To znamená, že vyhrála všechny čtyři grandslamové turnaje ve smíšené čtyřhře. V červnu 2005 vyhrála společně s Japonkou Ai Sugiyamaovou turnaj WTA tour ve čtyřhře v anglickém Birminghamu. Stejný pár skončil druhý ve finále čtyřhry na French Open. V říjnu 2004 získala Hantuchová s ruskou hráčkou Anastasií Myskinovou v Německu svůj šestý titul ve čtyřhře WTA.
Hantuchová a Sugiyamaová vyhrály další turnaj ve čtyřhře v březnu 2006, tentokrát v katarském Dauhá. V dubnu 2006 se Hantuchová definitivně rozešla se svým trenérem Searsem. Svůj osmý turnaj WTA ve čtyřhře vyhrála v květnu 2006 v italském Římě, opět s Ai Sugiyamovou. Svůj druhý titul ve dvouhře na okruhu WTA Tour získala Hantuchová v březnu 2007, kdy v Indian Wells opět porazila Světlanu Kuzněcovovou. Svůj třetí titul ve dvouhře na okruhu Tour pak získala v říjnu 2007, když v rakouském Linci porazila Švýcarku Patty Schnyderovou. V roce 2008 Hantuchová prohrála v semifinále Australian Open se Srbkou Anou Ivanovićovou. V červnu 2008 prohrála také ve druhém kole Wimbledonu. Od semifinálové účasti se Hantuchová na žádném z grandslamových turnajů nedostala přes čtvrté kolo.
Hantuchová hrála také za Slovensko v mezinárodní tenisové soutěži Fed Cup. Od července 2011 odehrála 44 zápasů a 29 z nich vyhrála. V roce 2002 pomohla Slovensku vyhrát Fed Cup. V roce 2004 hrála za Slovensko na olympijských hrách v řeckých Aténách. Jejími sponzory jsou společnost Nike vyrábějící sportovní oblečení a výrobce raket Prince. Od října 2011 získala díky tenisu více než 7,9 milionu dolarů. Je první Slovenkou, která získala tolik peněz jen z tenisových turnajů.
.svg.png){kind=small}
;_Flag_of_Serbia_and_Montenegro_(2003–2006).svg.png){kind=small}
