Počátky vlády
Vilém se rozhodl pro korunovaci o Vánocích. Částečně proto, že se domníval, že Angličané se budou v tento sváteční den méně bouřit. Byla to také dobrá volba, protože věřil, že je to Boží vůle, aby se stal králem. Nyní se Vilém stal králem a strávil několik měsíců v Anglii. Poté se vrátil do Normandie a zanechal Anglii v rukou dvou schopných mužů. Těmi byli jeho nevlastní bratr Odo, biskup z Bayeux, a Vilém FitzOsbern. Odo se stal hrabětem z Kentu, zatímco FitzOsbern se stal hrabětem z Herefordu. Zbylá tři anglická hrabata zůstala na svých místech. Když Vilém odplouval zpět do Normandie, bylo s ním mnoho jeho stoupenců. Mnoho jeho vojáků, kteří byli zaplaceni, a další, které si přál mít pod kontrolou. Jednalo se zejména o anglického arcibiskupa Stiganda a Edgara Athelinga. Přivezl s sebou také své tři zbývající anglické hraběte, Edwina, Morcara a Waltheofa. To proto, aby nikdo z nich nemohl v době jeho nepřítomnosti rozpoutat vzpouru. Vilém měl doma své povinnosti, o které se musel postarat. Také mnoho jeho vojáků se muselo vrátit, aby vévodství zůstalo v bezpečí.
Když se Vilém v prosinci roku 1067 vrátil do Londýna, začal zjišťovat, jaké problémy se objevily během jeho nepřítomnosti. Hertfordshire byl napaden Merciany. Exeter pak nepřijal vládu nového krále. Vilém shromáždil peníze ze všech částí Anglie, které byly ochotné platit. Vyvolal také anglické poplatky. Exeter se vzdal poté, co byl jeden z jeho rukojmích oslepen. Poté, co si podrobil Devon a Cornwall, se zdálo, že je vše v klidu. Do Winchesteru Vilém poslal pro svou manželku Matyldu, která tam byla o Letnicích korunována anglickou královnou.
Do léta vypukly další vzpoury. Současně s tím z Anglie prchali další. Edgar Atheling spolu se svou matkou a sestrami odešel do Skotska, kde byli vítáni. Na severu se kolem Yorku shromažďovaly silné protinormanské skupiny. Hrabě Edwin a jeho bratr Morcar opustili Vilémův dvůr a připojili se k povstalcům na severu. Vilém poté postavil hrad ve Warwicku. To přimělo hraběte a ostatní, aby Vilémovi ustoupili. Následovaly další hrady. Vilém pak vstoupil do Yorku, kde se mu ostatní podvolili. Poté vyjednával se skotským králem, aby zabránil jakýmkoli vpádům do Anglie ze severu. Jeho tažení na severu však nebylo tak účinné, jak si myslel. V roce 1069 přerostlo druhé povstání ve válku. Muži, které Vilém ponechal v čele, byli zabiti. Malé normanské vojsko se drželo v Yorku, když jim Vilém přišel na pomoc. Po vybudování dalšího hradu ponechal Vilém v čele hraběte Williama FitzOsberna. Následujících pět měsíců byl na severu klid. Vůdci severních Angličanů však poslali zprávu králi Sweinovi do Dánska a nabídli mu korunu, pokud se mu podaří Normany porazit. Swein poslal do Anglie dánskou flotilu.
V létě roku 1069 se u pobřeží Kentu objevila dánská flotila. Postupovala po pobřeží směrem na sever a podnikala nájezdy. Vilém a jeho armáda byli na jihu a chránili se před jakýmikoliv nájezdy. Nakonec se flotila připojila k anglickým povstalcům na březích řeky Humber. Všichni zbývající angličtí hrabata Viléma opustili a připojili se ke spojeným anglicko-dánským silám. Ti vytáhli proti normanské posádce v Yorku a pobili všechny kromě několika žen a dětí. Vilém Malet, Norman, který žil v Anglii před rokem 1066, byl také ušetřen.
Harrying severu
Vilémova severní armáda byla zničena a York se ocitl v troskách. Ve stejné době vypukla menší povstání ve Walesu a jihozápadní Anglii. Vilém věděl, že je v nesnázích. Začal svolávat všechny své velitele a vojska, aby spojil své síly. Král věděl, že s menší armádou se musí vypořádat s jednou skupinou povstalců najednou. Vyslal Viléma FitzOsberna a Briana Bretaňského, aby se vypořádali s Exeterem. Vilém sám bojoval s armádou táhnoucí z východu. V obou případech normanská vojska zvítězila. Nyní se vydal na severní vojska, která zničila York. Nedokázal se však dostat dále na sever než do Pontefractu. Po několikatýdenním pokusu Vilém podplatil dánské loďstvo, aby se na zimu stáhlo z Yorku. Ta souhlasila a vrátila se do ústí řeky Humber, aby tam přezimovala. Vilém se nyní mohl přesunout k Yorku. Přestavěl tam hrady. Poté nechal svá vojska rozptýlit a zničit vše, co bylo pro anglickou a dánskou armádu užitečné k obživě. Výsledkem byl rozsáhlý hladomor a obyvatelé oblasti buď odešli, nebo zemřeli hlady. To bylo Vilémovo nechvalně proslulé sužování severu. Výsledkem toho všeho byla kapitulace jeho anglických hrabat a většiny povstalců v Anglii. Několik zbývajících skupin bylo rychle rozdrceno Vilémovým vojskem. Jedna skupina se však ukázala jako tvrdohlavější. Ta se nacházela u Chesteru a po nuceném pochodu během zimy je Vilém překvapil dříve, než byli připraveni. Po jejich kapitulaci tam postavil další dva hrady a pak se vrátil do Winchesteru.
Vláda v Anglii a Normandii
Vilém už nikdy nemusel pustošit hrabství tak jako Yorkshire. S hlavními hrozbami své vlády se vypořádal, ale některé se mu podařilo vyřešit jen částečně. V roce 1070 se vrátila dánská flotila, tentokrát vedená králem Swenem. Připojili se k malé skupině povstalců na ostrově Ely, kterou vedl Hereward Probuzený. Vilém opět podplatil Dány, aby odešli, a poté se vypořádal se vzbouřenci. O Herewardovi už nikdy nikdo neslyšel.
Vilém nyní musel vládnout Anglii i Normandii. Zjistil, že musí být přítomen, aby měl věci pod kontrolou. Když byl v Normandii, v Anglii často docházelo k problémům. Když však byl v Anglii, Normandii vládla jeho manželka Matylda. Fulk Rechin, nový hrabě z Anjou, však vymanil Maine z Vilémovy kontroly. Vilém si ji musel v roce 1073 vzít zpět.
V roce 1082 Vilém zatkl svého nevlastního bratra Oda, biskupa z Bayeux a hraběte z Kentu. Důvody jsou nejasné, ale Odo se snažil shromáždit armádu, která měla táhnout na Řím. Jeho plánem bylo stát se příštím papežem. Vilém ho postavil před soud na ostrově Wight. Kromě dalších zločinů se jednalo o pokus o shromáždění armády mezi Vilémovými vojáky. Jak Vilém zdůraznil, byli potřební pro obranu Anglie. Odo protestoval, že ho nemůže soudit ani král. Jako biskup mohl rozhodnout pouze papež. Vilém odpověděl, že nezabavuje biskupa, ale svého hraběte, kterého nechal v době své nepřítomnosti ve vedení. Odo byl do konce života uvězněn v Normandii.
V roce 1083 královna Matylda zemřela a byla pohřbena v Caen. Oba si byli velmi blízcí a neshodli se pouze v otázce svého syna Roberta Curthose. Robert se opakovaně vzbouřil proti svému otci, přesto se svou matkou udržoval kontakt. To mezi nimi způsobilo rozkol. Francouzský král Filip I. považoval za obtížné, aby se jeho vazal stal králem jako on sám, a proto Viléma nesnášel. Když se Robert Curthose vzbouřil proti svému otci, nebyl dost silný na to, aby s Vilémem bojoval sám, a tak mu král Filip pomohl.
V létě roku 1085 se Vilém dozvěděl, že dánský král Kanuta IV. připravuje flotilu k vyplutí proti Anglii. Vilém se na podzim vrátil do Anglie s mnoha vojáky. Musel jim platit a živit je, což ho stálo velké náklady. Možná právě v této době si uvědomil, že nemá žádné záznamy o tom, co mu jako králi náleží. Nevěděl, zda vybírá všechny dlužné daně.
Domesday Book
Na svém vánočním dvoře v Gloucesteru v roce 1085 požádal Vilém o provedení velkého průzkumu ve všech částech Anglie. Král chtěl vědět, kolik lidí žije v jeho [království|[říši]]. Chtěl vědět, jak velký je každý majetek, jakou má hodnotu a kolik přináší příjmů. Žádný takový průzkum nebyl v Anglii dosud proveden. Byl jedinečný svými podrobnostmi a přínosem pro anglické dějiny. Kniha Domesday Book byla prvním veřejným záznamem v Anglii.
Text knihy se vešel do dvou svazků. První se týkal jednatřiceti okresů. Kvůli svému rozsahu byla nazývána "Velký domesday". Druhý svazek zahrnoval hrabství Essex, Norfolk a Suffolk a byl nazván "Malý Domesday". Fakta zaznamenávalo několik komisí složených z biskupů a hrabat. Každý panel shromažďoval informace o několika hrabstvích. Vilémovi byla 1. srpna 1086 předložena rozsáhlá sbírka písemných záznamů. Ta se stala Domesday Book, ačkoli do knih bude svázána až téměř za dalších sto let.
Poslední roky
William zemřel ve francouzském Rouenu na následky zranění, která utrpěl při pádu z koně, jehož byl majitelem.