Mezi Rouenem a mořem mohou po Seině plout zaoceánské lodě o délce až 280 metrů (920 stop) a hmotnosti 150 000 tun. Tento úsek řeky má délku přibližně 120 kilometrů. Mohou po ní plout lodě s ponorem do 10 metrů (33 stop). Ponor je slovo popisující výšku části lodi, která se nachází pod čárou ponoru. V tomto úseku se nacházejí tři mosty. Lze je zvednout. Maximální ponor lodi (neboli výška nad čárou ponoru) je 50 metrů (160 stop). Protože je zde málo mostů, lze řeku překonat přívozem, a to na různých místech. Přístav Rouen je důležitým námořním přístavem ve Francii; je to nejdůležitější přístav v Evropě pro obiloviny a nejdůležitější přístav ve Francii pro mouku a hnojiva. I když je přístav Le Havre důležitější pro ropu, přístav Rouen je stále důležitý. Ročně se v přístavu Rouen překládá asi 25 milionů tun produktů.
V 19. století byl upraven tok řeky mezi Rouenem a Paříží. Nachází se zde sedm zdymadel. Mohou se zde pohybovat bárky s nákladem o nosnosti až 350 t. Rozměr zdymadla určuje maximální rozměr lodi. Když se ve Francii stavěla většina kanálů, určil maximální délku zdymadel ministr veřejných prací Charles de Freycinet. Výsledkem jsou maximální rozměry lodi 38,5 metru (126 stop) na 5,05 metru (16,6 stopy) s ponorem 2,5 metru. V případě francouzských kanálů je maximální ponor 1,8 metru. Náklad peniche odpovídá přibližně nákladu deseti nákladních automobilů nebo osmi železničních vagonů. Ostatní typy lodí, které mohou kroužit, mají nosnost 800 tun (790 dlouhých tun; 880 krátkých tun) až 1 350 tun (1 330 dlouhých tun; 1 490 krátkých tun). Konvoje bárek o délce od 40 metrů (130 stop) do 70 metrů (230 stop) a mohou přepravit od 3 000 tun (3 000 dlouhých tun; 3 300 krátkých tun) do 10 000 tun (9 800 dlouhých tun; 11 000 krátkých tun) nákladu. Mezi další lodě patří říční plavidla, která mohou přepravit až 4 000 tun (3 900 dlouhých tun; 4 400 krátkých tun) nákladu.
Pařížský přístav je nejdůležitějším říčním přístavem ve Francii: ročně se v něm odbaví asi 20,2 milionu tun zboží, z toho 20 milionů tun pochází z říční dopravy. Existuje projekt nazvaný Seinsko-severoevropský průplav, jehož cílem je vybudovat velkokapacitní průplav spojující pařížský region s přístavy Antverpy, Dunkerque a Rotterdam pro velké lodě o šířce 11,5 metru (38 stop) a délce 185 metrů (607 stop).