V dubnu 1861 vypukla americká občanská válka. Carson opustil práci indiánského agenta a vstoupil do armády Unie. Byl jmenován poručíkem. Velel 1. dobrovolnické pěchotě Nového Mexika. Vycvičil nové muže. V říjnu 1861 byl jmenován plukovníkem. Dobrovolníci bojovali v únoru 1862 s konfederačními silami u Valverde v Novém Mexiku. Konfederace v této bitvě zvítězila, ale později byla poražena.
Tažení proti Apačům
Jakmile byli konfederáti vyhnáni z Nového Mexika, Carsonův velitel major James Henry Carleton se zaměřil na indiány. Historik Edwin Sabin píše, že tento důstojník měl "psychopatickou nenávist k Apačům". Carleton vedl své jednotky hluboko na území Apačů Mescalero. Mescalerové byli unaveni bojem a dali se pod Carsonovu ochranu. Carleton umístil tyto Apače do odlehlé a osamělé rezervace na východě na řece Pecos.
Carson neměl Apače rád. V jedné zprávě napsal, že Apači z kmene Jicarilla "jsou skutečně nejponíženější a nejproblematičtější indiáni, které máme v našem oddělení...". Denně jsme svědky jejich opilosti na našem náměstí." Carson Carletonovy plány podpořil jen napůl. Byl unavený. Před dvěma lety utrpěl zranění, které mu působilo velké potíže. V únoru 1863 z armády odešel. Carleton odmítl rezignaci přijmout, protože chtěl, aby Carson vedl tažení proti Navahům.
Tažení proti Navahům
Carleton si pro svou rezervaci vybral bezútěšné místo na řece Pecos. Tato rezervace se jmenovala Bosque Redondo (Kulatý háj). Toto místo vybral pro Apače a Navahy, protože bylo daleko od bělošských osad. Chtěl také, aby tito Apači a Navahové sloužili jako nárazník pro případné agresivní útoky Kiowů a Komančů na bílé osady východně od Bosque Redondo. Domníval se také, že odlehlost a opuštěnost rezervace odradí bílé osídlení.
Apačové Mescalero šli do rezervace pěšky 130 mil. V březnu 1863 se v okolí nedaleké pevnosti Fort Sumner usadily čtyři stovky Apačů. Ostatní uprchli na západ a připojili se k uprchlým tlupám Apačů. V polovině léta už mnozí z nich sázeli obilí a vykonávali další zemědělské práce.
7. července zahájil Carson, kterému se obklíčení Navahů příliš nezamlouvalo, tažení proti tomuto kmeni. Jeho rozkazy byly téměř stejné jako v případě obklíčení Apačů: měl zastřelit všechny muže na místě a ženy a děti vzít do zajetí. Dokud nebudou všichni Navahové v rezervaci, neměly být uzavřeny žádné mírové smlouvy.
Carson pátral po Navajích široko daleko. Našel jejich domy, pole, zvířata a sady, ale Navahové byli experti na rychlé mizení a skrývání se ve svých rozlehlých zemích. Obchůzka byla pro Carsona velkým zklamáním. Bylo mu padesát, byl unavený a nemocný. Na podzim roku 1863 začal Carson vypalovat navažské domy a pole a odvádět z oblasti jejich zvířata. Pokud by toto ničení pokračovalo, Navaho by zemřeli hlady. Sto osmdesát osm Navahů se vzdalo. Byli posláni do Bosque Redondo. Život v Bosque se stal chmurným. Docházelo k vraždám. Apači a Navahové bojovali. Voda v Pecosu obsahovala minerály, které lidem způsobovaly křeče a bolesti žaludku. Obyvatelé museli chodit asi dvanáct mil pěšky, aby našli dřevo na oheň.
Kaňon de Chelly
Carson si chtěl v zimě od kampaně odpočinout. Major Carleton to odmítl. Kit dostal rozkaz vtrhnout do Canyon de Chelly. Právě sem se uchýlilo mnoho Navahů. Historik David Roberts píše: "Carsonův přepad kaňonu de Chelly v zimě 1863-1864 se měl ukázat jako rozhodující akce v tažení."
Kaňon de Chelly byl pro Navahy posvátným místem. Věřili, že nyní bude jejich nejsilnějším útočištěm. Tři stovky Navahů se uchýlily na okraj kaňonu na místo zvané Pevnostní skála. Carsonově invazi se bránili stavbou provazových žebříků, mostů, spouštěním nádob s vodou do potoka a tím, že se drželi z dohledu. Těchto tři sta Navahů invazi přežilo. V lednu 1864 Carson se svými jednotkami prošel 35mílovým kaňonem. V kaňonu vykácel tisíce broskvoní. Několik Navahů bylo zabito nebo zajato. Carsonova invaze však Navahům dokázala, že bílý muž může kdykoli vtrhnout do jejich země. Mnoho Navahů se ve Fort Canby vzdalo.
V březnu 1864 bylo ve Fort Canby 3000 uprchlíků. Do tábora jich dorazilo dalších 5 000. Trpěli velkou zimou a hladem. Carson požádal o zásoby jídla a oblečení. Tisíce Navahů byly odvedeny do Bosque Redondo. Mnozí cestou zemřeli. Opozdilci v týlu byli zastřeleni. V navažské historii je tento strašlivý pochod známý jako Dlouhý pochod. V roce 1866 se podle zpráv ukázalo, že Bosque Redondo je naprostým neúspěchem. Major Carleton byl propuštěn. Kongres zahájil vyšetřování. V roce 1868 byla podepsána smlouva a Navahové se mohli vrátit do své domoviny. Bosque Redondo bylo uzavřeno.
První bitva o hradby Adobe
25. listopadu 1864 vedl Carson své jednotky proti jihozápadním kmenům v první bitvě u Adobe Walls v texaském Panhandlu. Adobe Walls byla opuštěná obchodní stanice, kterou její obyvatelé vyhodili do povětří, aby zabránili převzetí moci nepřátelskými indiány. Bojovníky v první bitvě byla armáda Spojených států a masy Kiowů, Komančů a Apačů z planin. Jednalo se o jedno z největších střetnutí na Velkých pláních. Komise Texaské státní knihovny a archivu píše: "Výsledkem bitvy u Adobe Walls byla zdrcující duchovní porážka indiánů. Zároveň přiměla americkou armádu k posledním akcím, které měly indiány jednou provždy rozdrtit. Během jednoho roku měla dlouhá válka mezi bělochy a indiány v Texasu dospět ke svému konci."
Bitva byla výsledkem přesvědčení generála Carletona, že za pokračující útoky na bílé osadníky podél Santa Fe Trail jsou zodpovědní indiáni. Chtěl tyto zloděje a vrahy potrestat a přivedl Carsona, aby to udělal. Vzhledem k tomu, že většina armády byla během americké občanské války zaměstnána jinde, ochrana, kterou osadníci hledali, téměř neexistovala. Prosili o pomoc. Carson vedl 260 příslušníků kavalerie, 75 pěšáků a 72 průzkumníků armády Ute a Jicarilla Apačů. Kromě toho měl k dispozici dvě horské houfnice.
Ráno 25. listopadu Carson objevil a zaútočil na vesnici Kiowů čítající 176 domků. Po jejím zničení se přesunul k Adobe Walls. Carson našel v oblasti další komančské vesnice a uvědomil si, že bude čelit velmi početné přesile indiánů. Kapitán Pettis odhadoval, že se začalo shromažďovat 1 200 až 1 400 Komančů a Kiowů. Jejich počet by se mohl zvýšit až na 3 000. Následovala čtyř až pětihodinová bitva. Když Carsonovi došla munice a náboje do houfnic, nařídil svým mužům, aby se stáhli do nedaleké vesnice Kiowů. Tam vesnici a mnoho krásných bizoních rouch spálili. Jeho indiánští zvědové zabili a zmrzačili čtyři staré a slabé Kiowy. Poté byl zahájen ústup do Nového Mexika. Mezi Carsonovými muži bylo jen málo mrtvých. Generál Carleton napsal Carsonovi: "Tato brilantní záležitost přidává další zelený list k vavřínovému věnci, který jste tak šlechetně získal ve službě své vlasti." Někteří považují tuto bitvu za Carsonův nejlepší okamžik a domnívají se, že byla jedním z faktorů, které přiměly Kiowy a Komanče, aby v roce 1865 požádali o mír.
"Hoďte pár nábojů támhle do toho davu."
Kit Carson dělostřeleckému důstojníkovi poručíku Pettisovi
Někteří z těch, kdo bitvu studovali, se domnívají, že Carson dal svým vojákům správný rozkaz k ústupu. Carsonovi vojáci prý získali pouze jeden skalp Komančů. První bitva u Adobe Walls byla poslední, kdy Komančové a Kiowové donutili americké jednotky ustoupit z boje. Adobe Walls znamenaly začátek konce pláňových kmenů a jejich způsobu života.
O deset let později se 27. června 1874 odehrála druhá bitva u Adobe Walls, v níž se utkalo 250 až 700 Komančů se skupinou 28 lovců bránících Adobe Walls. Po čtyřdenním obléhání se stovky indiánů stáhly. Druhá bitva vedla k válce na Červené řece v letech 1874-1875, která vyústila v konečné přesídlení indiánů z jižních plání do rezervací v Oklahomě.