Normy pasterizace mléka jsou v posledních letech stále více kontrolovány, protože byly objeveny patogeny, které jsou rozšířené a odolné vůči teplu (jsou schopny přežít pasterizaci ve značném množství). Výzkumníci vyvinuli citlivější diagnostiku, jako je PCR v reálném čase a zdokonalené kultivační metody, které jim umožnily identifikovat patogeny v pasterizovaném mléce.
Bylo zjištěno, že jedna z bakterií, organismus Mycobacterium avium subspecies paratuberculosis (MAP), který způsobuje Johneovu chorobu u skotu a je podezřelý z toho, že způsobuje přinejmenším Crohnovu chorobu u lidí, přežívá pasterizaci v maloobchodním mléce v USA, Velké Británii, Řecku a České republice. Orgány pro bezpečnost potravin ve Spojeném království se rozhodly přehodnotit pasterační normy s ohledem na výsledky MAP a další důkazy o výskytu škodlivých patogenů odolných vůči pasteraci.
Ministerstvo zemědělství USA (USDA), které je zodpovědné za stanovení pasterizačních norem v USA, svůj postoj k přiměřenosti pasterizace nepřehodnotilo. Nezpochybňuje studie, které jsou v tuto chvíli vědeckou komunitou akceptovány, ale trvá na tom, že přítomnost MAP v maloobchodním pasterizovaném mléce musí být způsobena kontaminací po pasterizaci. Někteří vědci z FDA, který je v USA zodpovědný za bezpečnost potravin, však začali prosazovat přehodnocení těchto výsledků. Na adresu těchto úřadů se objevuje malá, ale rostoucí kritika ze strany pacientů trpících Crohnovou chorobou, vědců a lékařů. Někteří naznačují, že se americkému mlékárenskému průmyslu daří potlačovat reakci agentur na potenciální zdravotní krizi, protože se obává paniky spotřebitelů, která by vedla ke snížení spotřeby mléka. Stojí za zmínku, že ačkoli nebylo definitivně prokázáno, že MAP je škodlivý pro člověka, všechny ostatní mykobakterie jsou patogenní a bylo definitivně prokázáno, že způsobují onemocnění skotu a jiných přežvýkavců.
Novější metoda zvaná blesková pasterizace zahrnuje kratší vystavení vyšším teplotám a údajně lépe zachovává barvu a chuť některých výrobků.
Termín pasterizace za studena se někdy používá pro použití ionizujícího záření (viz ozařování potravin) nebo jiných prostředků (např. chemických) k ničení bakterií v potravinách. Ozařování potravin se také někdy nazývá "elektronická pasterizace".
