Současný povrch jámy Messel se nachází zhruba 60 m pod úrovní místního terénu a má rozlohu přibližně 0,7 km². Ložisko ropných břidlic původně sahalo až do hloubky 190 m. Před 47 miliony let v eocénu, kdy se messelská ložiska tvořila, byla tato oblast o 10° jižněji než nyní. Toto období bylo těsně po paleocénně-eocénním tepelném maximu a klima i ekologie lokality se od dnešní velmi lišily. Velká řada jezer obklopených bujnými subtropickými lesy podporovala neuvěřitelnou rozmanitost života. Dno Messelského jezera bylo pravděpodobně centrálním bodem pro odtok vody z okolních řek a potoků. Jámové usazeniny vznikly v eocénu v období paleogénu asi před 47 miliony let. Vyplývá to z datování úlomků čediče pod zkamenělými vrstvami.
Základní horninou na lokalitě je ropná břidlice, která vznikla pomalým anoxickým usazováním bahna a odumřelé vegetace na dně jezera.
Jeho sedimenty sahají 130 m dolů a leží na starším pískovcovém podloží. Zkameněliny v břidlicích vykazují pozoruhodnou čistotu a zachovalost díky jedinečným vlastnostem usazování v jezeře.
V horních vrstvách jezera bylo hodně života, ale dno bylo anoxické. Protože voda nebyla příliš rozrušována, dostávalo se do spodních vrstev málo kyslíku. To znemožňovalo život mnoha epifaunálních (žijících na dně) a infaunálních (hrabajících) druhů. Proto byla mrtvá těla tak málo poškozená. Převracení jezerních vrstev (způsobené sezónními výkyvy) snižovalo obsah kyslíku u hladiny a vedlo k periodickému "vymírání" vodních druhů. V kombinaci s relativně nízkou rychlostí usazování (0,1 mm/rok) to bylo vynikající prostředí pro zachování fauny a flóry.
Uvolňování sopečných plynů
Oblast kolem jámy Messel byla v eocénu geologicky a tektonicky aktivní. Uvolňování sopečných plynů by mohlo být příčinou rozsáhlého usazování nevodních druhů.
Při podpovrchových posunech se do jezera a přilehlých ekosystémů uvolňovaly velké koncentrace reaktivních plynů (např. oxidu uhličitého a sirovodíku), které zabíjely citlivé organismy. Během těchto úniků mohli ptáci a netopýři spadnout dovnitř, pokud se nacházeli v blízkosti hladiny jezera, a suchozemští živočichové mohli být zahlceni v blízkosti břehu jezera.