Soukromá publikace
Potterův rukopis knihy nesl název Příběh králíka Petra a zahrady pana McGregora. Rukopis odmítlo vydat šest nakladatelů. Dokonce i Frederick Warne & Co. jej odmítlo vytisknout, přestože o její dílo projevilo zájem již před několika lety. Někteří nakladatelé chtěli kratší příběh. Jiní chtěli delší. Téměř všichni nakladatelé chtěli, aby obrázky byly barevné. Potterová byla frustrovaná, protože její knihu stále odmítali. Měla už naplánováno, jak by její kniha měla vypadat. Chtěla, aby její kniha měla styl a velikost jako Malý černý Sambo. Měla už také promyšleno, kolik by měla stát.
Nakonec se rozhodla knihu vydat sama. Dne 16. prosince 1901 rozdala rodině a přátelům prvních 460 výtisků soukromě vytištěné Pohádky o králíčkovi Petrovi.
První komerční vydání
V roce 1901 přítel Potterovy rodiny, kanovník Hardwicke Rawnsley, změnil Potterův příběh na báseň a pokusil se svou verzi spolu s jejími ilustracemi a některými opravenými texty předat nakladatelství Frederick Warne & Co. Společnost Rawnsleyho verzi odmítla, ale chtěla vidět kompletní Potterův rukopis. Doufali, že The Tale of Peter Rabbit bude stejně úspěšná jako velmi populární Malý černý Sambo Helen Bannermanové a další dětské knihy, které se v té době prodávaly. Když se však Warne zeptal, proč nejsou v ilustracích žádné barvy, Potter odpověděl, že králičí hnědá a zelená barva nejsou zajímavé. Warne řekl, že knihu nevydá, ale že prý možná později vydá další její knihy.
Warne chtěl, aby Pohádka o králíčkovi Petrovi, kterou nazval "králičí knížkou", byla barevně ilustrovaná. Navrhl také, aby místo prvních 42 ilustrací použili pouze 32 ilustrací. Potterová nejprve nechtěla ilustrace vybarvit, ale pak si uvědomila, že nevybarvení ilustrací by byl špatný nápad. Poslala Warneovi několik nových barevných ilustrací spolu s výtiskem svého soukromě vytištěného vydání. Warne je pak předal slavnému výtvarníkovi obrázkových knih L. Lesliemu Brookovi, aby zjistil, co si o obrázcích myslí. Brooke byl Potterovou prací nadšen. Ve stejné době se staly velmi populárními malé obrázkové knihy.
Potterová dál ukazovala soukromě vytištěné kopie své rodině a přátelům. Brzy byl první soukromý náklad 250 výtisků vyprodán a bylo třeba připravit dalších 200. U jednoho výtisku si poznamenala, že její domácí králík Peter 26. ledna 1901 zemřel. Bylo mu devět let.
Potter a Warne souhlasili s vydáním levných 5000 výtisků. Následující rok v červnu 1902 byla podepsána oficiální smlouva. Potterová při vydávání příběhu tvrdě pracovala - když bylo potřeba, znovu nakreslila své obrázky, provedla drobné změny v psaní a opravila interpunkci. Ještě před vydáním na začátku října 1902 se prodalo prvních 8 000 výtisků. Do konce roku bylo vytištěno 28 000 výtisků. V polovině roku 1903 vyšel pátý výtisk a v témže měsíci šestý. Rok po prvním komerčním vydání bylo vytištěno 56 470 výtisků.
Americká autorská práva
Warneova newyorská kancelář nezaregistrovala autorská práva na Pohádku o králíčkovi Petrovi ve Spojených státech. Z tohoto důvodu se na jaře 1903 začaly objevovat nelicencované kopie knihy. Tisk nelicencovaných výtisků nemohlo nic zastavit.
Potter tak přišel o velké množství peněz. Potřebu řádně licencovat své knihy si začala plně uvědomovat, když poté, co úspěšně vydala Pohádku o veverce Nutkinovi, našel její otec o Vánocích 1903 v Burlington Arcade hračku veverku Nutkina.