Geografie Kolumbie má šest hlavních přírodních oblastí. Každá z nich má své jedinečné vlastnosti. Horská oblast And sousedí s Ekvádorem a Venezuelou. Oblast tichomořského pobřeží sousedí s Panamou a Ekvádorem. Karibská pobřežní oblast sousedí s Venezuelou a Panamou. Roviny (Llanos) mají společnou hranici s Venezuelou. Oblast amazonských deštných pralesů hraničí s Venezuelou, Brazílií, Peru a Ekvádorem. Ostrovní oblast zahrnuje všechny ostrovy země.
Hlavní kolumbijské řeky jsou Magdalena, Cauca, Guaviare, Atrato, Meta, Putumayo a Caquetá. Kolumbie má čtyři hlavní odvodňovací systémy: Tichomořskou pánev, Karibskou pánev, Orinockou pánev a Amazonskou pánev.
Většina obyvatel žije v oblasti And. Více než polovinu území však tvoří nížiny. V nížinách žije jen asi 6 % lidí. Pohoří Sierra Nevada de Santa Marta zahrnuje nejvyšší vrcholy země (Pico Cristóbal Colón a Pico Simón Bolívar).
Klima
Teplota v Kolumbii se mění v závislosti na nadmořské výšce a liší se i v jednotlivých regionech. Oblasti kolem And jsou chladnější než pobřeží, které je nižší.
Vzhledem k velké nadmořské výšce se v Kolumbii pěstuje mnoho druhů ovoce, zeleniny a zvířat. Má mnoho údolí, pláží, plání, hor a lesů, jako je amazonský deštný prales.
Na vrcholcích některých kolumbijských hor je taková zima, že lidé mohou lyžovat i nad rovníkem. V nižších horách je teplejší klima. Mořské pobřeží ochlazuje oceánský vánek. Na úrovni moře v blízkosti rovníku je horko.
Řeky jsou důležité jako vodní cesty v zemi pro přepravu věcí. Jednou z nejdůležitějších kolumbijských řek je Magdalena-Cauca. Řeka Magdelena rozděluje východní a střední pohoří. Vytváří úrodné údolí. Řeka Cauca rozděluje centrální pohoří a západní hřeben a vytváří další velké údolí. Cauca je ve skutečnosti součástí řeky Magdalena. Obě řeky se však setkávají až několik kilometrů před ústím Magdaleny do Karibského moře.
Biodiverzita
Kolumbie je megadiverzní země. To znamená, že v této zemi žije většina druhů na Zemi. Vyskytuje se zde také vysoký počet endemických druhů.
V Kolumbii žije 1 900 druhů ptáků, což je více než v kterékoli jiné zemi. V mořích žije asi 2 000 druhů ryb. Je druhou nejrozmanitější zemí v oblasti sladkovodních ryb. Pokud jde o rostliny, v zemi se vyskytuje 40 000 až 45 000 druhů. Kolumbie je na druhém místě v počtu druhů obojživelníků a je třetí nejrozmanitější zemí v oblasti plazů. Měkkýšů je zde asi 2 900 druhů a bezobratlých asi 300 000 druhů.