Území provincie bylo součástí provincie La Vega od získání dominikánské nezávislosti (v roce 1844) až do roku 1945, kdy se většina území stala součástí provincie Duarte.
Dne 3. března 1952 byla vytvořena provincie Cotuí, která byla v té době součástí provincie Duarte, a jihovýchodní část provincie La Vega. V době svého vzniku měla pouze dvě obce: Cotuí, hlavní město provincie, a Cevicos. V roce 1961 se třetí obcí provincie stalo Fantino, v roce 2002 se čtvrtou obcí stala Villa La Mata.
V roce 1979 se městskou částí stala La Cueva, v roce 2001 La Bija a Angelina, v roce 2005 Quita Sueño a Platanal, v roce 2006 Hernando Alonzo, Caballero a Comedero Arriba a v roce 2010 Zambrana Abajo.