Rozmnožování u paramecií se zkoumá již mnoho let. Paramecium má dvě jádra (velké makrojádro a jedno kompaktní mikrojádro). Bez makrojádra nemohou přežít a bez mikrojádra se nemohou rozmnožovat. Rozmnožování probíhá buď binárním dělením (asexuální), konjugací (sexuální), nebo vzácně endomixí, procesem samooplození. Při binárním dělení se plně vyvinutý organismus dělí na dvě dceřiné buňky. Konjugace spočívá v dočasném spojení dvou organismů a výměně mikrojaderných elementů. Bez omlazujících účinků konjugace paramecium stárne a umírá. Při konjugaci se mohou spojit pouze opačné typy páření nebo geneticky kompatibilní organismy.
Tento rozmnožovací systém je u řasinek jedinečný a je jedním z důvodů, proč se domníváme, že Protista nejsou přirozeným kladem (monofyletickým), ale spíše polyfyletickým souborem jednobuněčných organismů.
Paramecium aurelia
Tento druh se skládá ze 14 "syngenů", z nichž každý je geneticky izolovaný od ostatních a biochemicky jedinečný. Každý syngen má dva typy páření. Syngeny jsou si vzhledově natolik podobné, že jim nebyla přidělena samostatná druhová jména. p322
Zabijácké paramecie a částice kappa
Jedná se o paramecie, které vylučují do okolního prostředí částice, které zabíjejí ostatní paramecie. Tuto zabijáckou vlastnost způsobují částice kappa, což jsou symbiotické bakterie. Částice kappa se vyskytují pouze u paramécií s dominantním genem K. Zabíjení provádějí menší částice, které jsou defektními DNA fágy. Bakterie kappa je jen jednou z mnoha, které se vyskytují v přirozených populacích Paramecium aurelia. . p243/4
