Polyfylie je termín v kladistice. Popisuje skupinu organismů, jejichž poslední společný předek není členem této skupiny. Jiný způsob vyjádření je, že polyfylie zahrnuje skupiny, jejichž někteří členové jsou potomky předků.
Diagramy ukazují, že ptáci a savci jsou skutečně příbuzní, ale pouze na úrovni raných amniot. Z hlediska evoluce je mezi nimi obrovská propast.
V tradiční taxonomii je běžnější zahrnout všechny potomky (řekněme žijící savce) bez skupiny, ze které se vyvinuli (což by byl některý klad v terapsidě). Dělá se to z pohodlnosti, ale savci se tím stávají polyfyletickými.
Cílem biologické klasifikace je seskupit druhy tak, aby každá skupina pocházela z jednoho společného předka. Polyfyletickou skupinu lze "opravit" buď vyloučením kladů, nebo přidáním společného předka.
Podle kladistiky by mělo být cílem klasifikace zajistit, aby všechny skupiny byly monofyletické. Jiní taxonomové však tvrdí, že existuje oprávněné místo pro skupiny, které jsou parafyletické nebo obsahují svého posledního společného předka, ale ne všechny potomky tohoto předka.
