Monofylie znamená společný původ z jediného předka. Biologové zavedli druh taxonomie nazývaný kladistika. Jejím cílem je, aby biologická klasifikace odpovídala tomu, co víme o způsobu vývoje organismů.
Pokud existuje skupina tvořená společným předkem a všemi jeho potomky, je tato skupina monofyletická. (řecky: "jednoho rodu").
Skupina, která obsahuje organismy bez společného předka, se nazývá polyfyletická. Obvyklou příčinou vzniku takových skupin je konvergentní evoluce. Pokud skupina obsahuje společného předka, ale vynechává některé jeho potomky, nazývá se parafyletická. O všech živých organismech na této planetě se na základě analýzy DNA soudí, že jsou monofyletické, tj. že mají jeden původ, nikoliv mnoho.
Příklad: Všechny druhy rodu Homo pocházejí ze stejné předkové formy z čeledi Hominidae a žádní další potomci nejsou známi. Rod Homo je tedy monofyletický.
Pokud by se naopak zjistilo, že se Homo habilis vyvinul z jiného předka než Homo sapiens, a tento předek by nebyl zahrnut do rodu, pak by byl rod polyfyletický. Protože biologové většinou dávají přednost monofyletickým skupinám, v tomto případě by pravděpodobně rod buď rozdělili, nebo rozšířili o další formy.
Příklad polyfyletické skupiny: Mořští plži.
