Charles Darwin (1809-1882) jako první sestavil evoluční strom života. K možnosti rekonstruovat historii života se stavěl velmi opatrně. V knize O původu druhů (1859) v kapitole IV předložil abstraktní schéma teoretického stromu života pro druhy nejmenovaného velkého rodu (viz obrázek).
Darwinova vlastní slova: "Malé rozdíly mezi odrůdami téhož druhu se tedy budou neustále zvětšovat, až se vyrovnají větším rozdílům mezi druhy téhož rodu nebo dokonce mezi různými rody."
Na rozdíl od lineárního stromu, který o několik let později vytvořil Ernst Haeckel, se jedná o větvení bez pojmenování druhů.
Ve shrnutí k oddílu revidovanému v 6. vydání z roku 1872 Darwin vysvětluje své názory na strom života:
Příbuznost všech bytostí stejné třídy bývá někdy znázorňována velkým stromem. Věřím, že toto přirovnání do značné míry vypovídá pravdu. Zelené a pučící větvičky mohou představovat existující druhy; a ty, které vyrostly v minulých letech, mohou představovat dlouhou posloupnost vyhynulých druhů...
Větve rozdělené na velké větve a ty na menší a menší větve byly samy o sobě kdysi, když byl strom mladý, pučícími větvičkami; a toto spojení bývalých a současných pupenů větvením může dobře představovat zařazení všech vymřelých a žijících druhů do skupin podřízených skupinám.
Z mnoha větviček, které rozkvétaly, když byl strom pouhým keřem, přežily jen dvě nebo tři, které se nyní rozrostly ve velké větve, a nesou ostatní větve; tak u druhů, které žily v dávno minulých geologických obdobích, zůstalo jen velmi málo živých a pozměněných potomků. Od prvního růstu stromu se mnoho větví a větviček rozpadlo a odpadlo; a tyto odpadlé větve různých velikostí mohou představovat celé řády, čeledi a rody, které nyní nemají žádné žijící zástupce a které jsou nám známy pouze ve zkamenělém stavu. Tak
jako tu a tam vidíme tenkou bludnou větev, která vyrůstá z rozvětvení nízko na stromě a která byla nějakou náhodou zvýhodněna a je stále živá na svém vrcholu, tak občas vidíme živočicha, jako je Ornithorhynchus (Platypus) nebo Lepidosiren (jihoamerická plískavice), který v jisté malé míře spojuje svou příbuzností dvě velké větve života a který byl zřejmě zachráněn před osudovou konkurencí tím, že obýval chráněné stanoviště.
Tak jako pupeny dávají růst čerstvým pupenům a ty, jsou-li silné, se rozvětvují a překrývají na všechny strany mnohé slabší větve, tak to podle mého názoru
po generace bylo i s velkým Stromem života, který svými mrtvými a zlomenými větvemi vyplňuje zemskou kůru a pokrývá povrch svými stále se rozvětvujícími a krásnými větvemi.
