Zooxanthellae
Někteří dinoflageláti jsou zooxantely: endosymbionti mořských eukaryot a živočichů, jako jsou anthozoanní koráli. Tito koráli budující útesy jsou na nich do značné míry závislí. Mezi další organismy, které mohou hostit zooxantely, patří medúzy, mlži, foraminifery, mořští plži, tj. nudibranche, a také řasnatky a radiolárie.
Červené přílivy a odlivy
Dinoflageláty jsou zodpovědné za "červený příliv", který může otrávit ryby. Někdy kvetou v koncentraci více než milion buněk na mililitr. Některé druhy produkují neurotoxiny, které v takovém množství zabíjejí ryby a hromadí se ve filtrujících živočichách, jako jsou měkkýši, kteří je mohou přenášet na lidi, kteří je konzumují. Tento jev se nazývá červený příliv podle barvy, kterou vodě dodává kvetení. Ne všechny květy dinoflagelátů jsou nebezpečné. Modravé blikání viditelné v noci v oceánské vodě často pochází z květů bioluminiscenčních dinoflagelátů, které při narušení vydávají krátké světelné záblesky.
Klasifikace
Přestože jsou dinoflageláty řazeny mezi eukaryota, postrádají některé klíčové znaky eukaryotických jader. Dodge ve skutečnosti označil jádro dinoflagelátů jako mezokaryotické, a to kvůli tomu, že má přechodné vlastnosti mezi svinutými oblastmi DNA prokaryotických bakterií a dobře definovaným eukaryotickým jádrem. Tato skupina však obsahuje typicky eukaryotické organely, jako jsou Golgiho komplexy, mitochondrie a chloroplasty.
Tato skupina obsahuje mnoho složitých organel a životních stylů. Některé mají struktury podobné spíše očím obratlovců, některé mají nematocysty, některé žijí jako plasmodia (vícejaderné formy), některé mají dva bičíky, fotosyntetizující dinoflageláty obsahují "ohromující množství" typů plastidů a celá jejich genetika a buněčná biologie je výstřední.
Zkameněliny
Fosilní dinoflageláti jsou důležití pro stratigrafii, datování a korelaci vrstev. Během svého života mají dinoflageláty pohyblivou planktonní formu a odolnou cystickou fázi, která jim umožňuje přežít zimu v sedimentech. Pouze cysta je fosilizována. Jejich první jistý výskyt je v období siluru, s velkou radiací v druhohorách. s440 Margulis a kol. je klasifikují jako Phylum Dinomastigota.
