Později byl Babylon vypleněn chetitským králem Musilisem I., což vedlo k takzvané "temné době" doby bronzové, o níž je jen málo písemných dokladů. O datu vyplenění Babylonu vedou archeologové spory, neboť navrhli ne méně než čtyři chronologie. Možná data vyplenění Babylonu jsou následující:
- ultrakrátká chronologie: 1499 př. n. l.
- krátká chronologie: 1531 př. n. l.
- střední chronologie: 1595 př. n. l.
- dlouhá chronologie: 1651 př. n. l.
Problémem je sladit mezopotámská data s daty staroegyptskými.
Pozdější dynastie
Po zničení Chetity vládli Babylonu 576 let Kassité. Poté mu vládl Elam a poté získal na zhruba tři století nezávislost. Poté si je podmanili Neosyřané. O století později se opět osvobodili a vytvořili Novobabylonskou neboli Chaldejskou říši. Toto neustálé dobývání a opětovné dobývání je částečně způsobeno geografickými podmínkami. Kromě řek zde neexistují žádné přirozené hranice a k městům se lze snadno dostat ze severu nebo z jihu.
Král Nabukadnezar II. vládl 43 let. V roce 585 př. n. l. dobyl Fénicii.
[{
[8062-7509]}]
Babylonskou říši definitivně ukončil perský král Kýros Veliký.
V roce 549 př. n. l. ukončil Kýros říši Médů. O tři roky později se Kýros stal králem Achaimenovské říše (Persie) a podnikl tažení do severní Mezopotámie.
V roce 539 př. n. l. vpadl Kýros do Babylonie. V červnu se odehrála bitva u Opísu, kde byli Babylóňané poraženi, a hned poté se Sippara vzdala útočníkovi. Dva dny po dobytí Sippary "Kýrovi vojáci vstoupili do Babylonu bez boje". Kýros dorazil až 3. března (říjen), v jeho nepřítomnosti za něj jednal Gobryas. Gobryas byl nyní jmenován správcem babylónské provincie.
Kýros se nyní prohlašoval za legitimního nástupce starověkých babylonských králů a mstitele jejich boha Bel-Marduka. Kýrovu vpádu do Babylonie nepochybně napomohla přítomnost cizích nucených vyhnanců, jako byli Židé, kteří byli vysazeni uprostřed země.
Jedním z prvních Kýrových činů bylo, že těmto vyhnancům umožnil návrat do jejich domovů, přičemž si s sebou nesli obrazy svého boha a posvátné nádoby. Povolení k tomu bylo obsaženo v proklamaci, kterou se dobyvatel snažil ospravedlnit svůj nárok na babylonský trůn. Stále panovalo přesvědčení, že nikdo nemá právo vládnout nad západní Asií, dokud nebude Bel a jeho kněží posvěceni do tohoto úřadu, a proto Kýros od nynějška přijal císařský titul "babylónský král".