Vaječníky (Singulár: Ovary) jsou orgány, které se nacházejí v samičích organismech. Vaječníky jsou součástí reprodukčního systému potřebného k pohlavnímu rozmnožování.
Většina obratlovců má vaječníky. Obvykle mají živočichové dva vaječníky. Ptáci mají obvykle jen jeden funkční vaječník, hadi mají jeden vaječník před druhým. Vaječníky jsou podobné varlatům u mužů.
Vaječníky mají tvar vajíček a jsou velké asi 3 × 1,5 × 1,5 cm. Vaječník se nachází v bočních stěnách pánve.
Každý vaječník je připojen k vejcovodu. Obvykle se každý vaječník střídá v uvolňování vajíček každý měsíc.
Vaječníky mají dva účely:
Během menstruace se z vaječníku uvolní vajíčko a dostane se do jednoho z vejcovodů. Tam může být vajíčko oplodněno. Vaječníky mají v sobě určitý počet vajíček, takže když se vajíčka přestanou uvolňovat, je to začátek menopauzy. Během této doby se přestávají produkovat ženské hormony.