Pandoravirus je rod velmi velkých virů. Mají největší genomy ze všech virových rodů. Stejně jako další velké viry Mimivirus, Pithovirus a Megavirus, i Pandoravirus infikuje améby. Jeho genom s 1,9 až 2,5 megabázemi DNA je dvakrát větší než genom Megaviru. Od ostatních velkých virů se výrazně liší vzhledem i strukturou genomu.
Přestože kapsida pithoviru je o 50 % větší, má pandoravirus největší genom ze všech virů (2,5 milionu párů bází).
Přibližně 93 % genů pandoravirů není známo z jiných mikrobů. To vedlo některé vědce k domněnce, že virus patří do "čtvrté domény" vedle bakterií, archeí a eukaryot. Viry jako celek nejsou považovány za součást těchto tří domén, ale někteří biologové je v minulosti navrhovali jako jednu z nich.