Lékařská mikrobiologie, známá také jako '''klinická mikrobiologie''', se zabývá studiem mikrobů, jako jsou bakterie, viry, plísně a paraziti, které způsobují lidská onemocnění, a jejich úlohou při onemocnění.

Mikrobi a obor mikrobiologie jsou pro svůj velký význam pro medicínu nejvíce studované.

Lékařská mikrobiologie studuje vývoj a průběh infekčního onemocnění u pacienta a v lidské populaci (epidemiologie). Souvisí se studiem patologie nemocí a imunologie. Je oborem medicíny a mikrobiologie a zahrnuje pět vědních oborů: bakteriologii, virologii, parazitologii, imunologii a mykologii.