Děj opery se odehrává v Německu v 16. století.
1. dějství
|  | | "O merveille! ... A moi les plaisirs" v podání Marcela Journeta a Enrica Carusa v roce 1910. | | | (Vlevo) Méfistofeles Faustovi ukáže Markétku a on podepíše smlouvu s ďáblem. | | | |
| Problémy s poslechem tohoto souboru? Viz nápověda k médiím. |
Doktor Faust je stárnoucí učenec. Rozhodne se, že jeho studium přišlo vniveč. Jen kvůli nim přišel o život a lásku (Rien! En vain j'interroge). Pokusí se zabít jedem. Přestane, když uslyší chór. Proklíná vědu a víru. Žádá Satana o vedení. Objeví se Méphistophélès (duet: Me voici). Pokouší Fausta vidinou krásné Markétky u kolovrátku. Přesvědčí Fausta, aby si koupil Méfistofelesovy služby na zemi výměnou za Faustovy v pekle. Faustův pohár s jedem se kouzlem změní v elixír mládí. Vypije ho. Ze zestárlého lékaře se stane pohledný mladík. Oba společníci se pak vydají do světa.
2. dějství
|  | | Le veau d'or v podání Feodora Chaliapina | | | (Vlevo) Georgij Petrov jako Mefistofeles | | | |
| Problémy s poslechem tohoto souboru? Viz nápověda k médiím. |
U městské brány studenti, vojáci a vesničané zpívají píseň o pití (Vin ou Bière). Valentin odchází do války se svým přítelem Wagnerem. Valentin požádá svého mladého přítele Siébela, aby se postaral o jeho sestru Margueritu (O Sainte Medaille). Objeví se Méphistophélès. Zásobuje dav vínem. Zpívá strhující píseň o Zlatém teleti (Le veau d'or). Méphistophélès mluví o Markétě špatně. Valentin se ho pokusí udeřit mečem. Meč se ve vzduchu roztříští. Valentin a jeho přátelé použijí jílce mečů ve tvaru kříže, aby zahnali to, o čem nyní vědí, že je to pekelná síla (refrén: De l'enfer). K Méfistofelesovi se připojí Faust. Vesničané tančí valčík (Ainsi que la brise légère). Objeví se Markétka. Faust jí vyznává svůj obdiv. Ze skromnosti odmítá jít s Faustem na procházku.
3. dějství
|  | | "Ah je ris de me voir si belle" zpívá Nellie Melba | | | (Vlevo) Markétčina zahrada v původní inscenaci, scénografie Charles-Antoine Cambon a Joseph Thierry | | | |
| Problémy s poslechem tohoto souboru? Viz nápověda k médiím. |
V Markétčině zahradě zanechává zamilovaný Siébel Markétce kytici (Faites-lui mes aveux). Faust posílá Méphistophélèse hledat dárek pro Markétku a zpívá kavatinu (Salut, demeure chaste et pure) idealizující Markétku jako čisté dítě přírody. Méphistophélès přinese zdobenou krabičku s nádhernými šperky a ručním zrcátkem a nechá ji Markétě na prahu vedle Siébeliných květin. Markétka vstoupí, přemítá o svém setkání s Faustem u městských bran a zpívá melancholickou baladu o králi Thulé (Il était un roi de Thulé).
Margueritina sousedka Marthe si šperku všimne a řekne, že je určitě od nějakého ctitele. Markéta si šperky vyzkouší a je okouzlena tím, jak zvýrazňují její krásu, jak zpívá ve slavné árii Písně o šperku (Ah! je ris de me voir si belle en ce miroir). Méphistophélès a Faust se k ženám připojí v zahradě a začnou s nimi romantizovat. Markétka dovolí Faustovi, aby ji políbil (Laisse-moi, laisse-moi contempler ton visage), ale pak ho požádá, aby odešel. Zpívá u okna, aby se rychle vrátil, a Faust ji poslouchá a vrací se k ní. Za bedlivého dohledu a zlomyslného smíchu Méfistofela je jasné, že Faustovo svedení Markétky bude úspěšné.
4. dějství
|  | | Vous qui faites l'endormie v podání Feodora Chaliapina | | | (Vlevo) Markéta se modlí v katedrále, scénografie Cambon | | | |
| Problémy s poslechem tohoto souboru? Viz nápověda k médiím. |
Markétčin pokoj / Náměstí před jejím domem / Katedrála [Poznámka: Scény 4. a 5. dějství jsou někdy uváděny v jiném pořadí a části jsou někdy zkráceny nebo vystřiženy.]
Markéta, která byla oplodněna a opuštěna Faustem, porodila a je společenským vyděděncem. U svého kolovrátku zpívá árii (Il ne revient pas). Siébel stojí při ní. Scéna se přesouvá na náměstí před Markétčiným domem. Valentinova družina se vrací z války za vojenského pochodu (Deposons les armes a Gloire immortelle de nos aïeux, známý "sbor vojáků"). Siébel žádá Valentina, aby Marguerite odpustil. Valentin spěchá do jejího domku. Zatímco je uvnitř, objeví se Faust a Méphistophélès a Méphistophélès v domnění, že je tam jen Markétka, zpívá pod Markétčiným oknem posměšnou burlesku o milenecké serenádě (Vous qui faites l'endormie). Valentin vyjde z chalupy, protože už ví, že Faust jeho sestru zhýral. Tři muži spolu bojují, přičemž Méphistophélès blokuje Valentinův meč a umožňuje Faustovi zasadit smrtelný úder. S posledním dechem Valentin obviní Markétu ze své smrti a před shromážděnými měšťany ji odsoudí do pekla (Ecoute-moi bien Marguerite). Markétka jde do kostela a snaží se tam modlit, ale je zastavena nejprve Méphistophélèsem a poté sborem ďáblů. Dokončí modlitbu, ale omdlí, když ji Méphistophélès znovu prokleje.
Zákon 5
Pohoří Harz o Valpuržině noci / Jeskyně / Interiér vězení
Méphistophélès a Faust jsou obklopeni čarodějnicemi (Un, deux et trois). Faust je přenesen do jeskyně královen a kurtizán a Méphistophélès slíbí Faustovi lásku největších a nejkrásnějších žen v dějinách. Orgiastický balet naznačuje hýření, které pokračuje po celou noc. Když se blíží svítání, Faust spatří vidinu Markétky a zavolá ji. Méfistofeles pomáhá Faustovi vstoupit do vězení, kde je Markétka držena za zabití svého dítěte. Zazpívají si milostný duet (Oui, c'est toi que j'aime). Méphistophélès prohlásí, že Markétu může z jejího osudu vysvobodit jen ruka smrtelníka, a Faust jí nabídne, že ji před katem zachrání, ale ona raději svěří svůj osud Bohu a jeho andělům (Anges purs, anges radieux). Na konci se ptá, proč má Faust ruce od krve, odstrčí ho a nehybně padne k zemi. Méphistophélès proklíná, zatímco hlas nahoře zpívá "Sauvée!". ("Spasen!"). Zazní velikonoční zvony a sbor andělů zpívá "Christ est ressuscité!" (Kristus je vzkříšen!). ("Kristus vstal z mrtvých!"). Stěny vězení se otevírají a Markétčina duše stoupá do nebe. Faust ji v zoufalství sleduje očima; padá na kolena a modlí se. Méfistofeles je odvrácen zářícím archandělským mečem.