Enterotyp je klasifikace střevní flóry. Je založena na ekosystému v lidském střevním systému. Klasifikace se provádí na základě identifikace bakterií a protist, které v něm žijí. Tomu se říká "lidský střevní biom".
Výzkumy ukazují, že ve střevech lidí existují tři různé ekosystémy. Lidé mohou být zařazeni do jedné ze tří skupin na základě bakterií v jejich střevech. Enterotyp každého člověka je stanoven již v dětství.
Enterotyp ovlivňuje, jak dobře člověk tráví potravu nebo vstřebává léky. Šimpanzi mají enterotypy, které vypadají podobně jako lidské enterotypy.
Typ 1 obsahuje vysoké množství bakteroidů. U typu 2 jsou časté prevotelly. Typ 3 má vysoký obsah ruminokoků.