Lidský mikrobiom (nebo lidská mikrobiota) je soubor mikroorganismů, které na nás žijí. Žijí na kůži, ve slinách a ústech, v očích a ve střevech a zbytku trávicího traktu. Patří mezi ně bakterie, archea, houby a jednobuněčná eukaryota ("prvoci"). Každý člověk v sobě nosí mnohem více těchto mikrobů, než je počet lidských buněk v těle. Lidské tělo má asi 100 bilionů buněk a jen ve střevech nese asi desetkrát více mikroorganismů.
Mikrobiom je "ekologické společenství komenzálních, symbiotických a patogenních mikroorganismů, které doslova sdílejí prostor našeho těla". Tento termín původně zavedl Joshua Lederberg. Domníval se, že mikroorganismy žijící v lidském těle ve zdraví a nemoci jsou důležité. V mnoha vědeckých článcích se rozlišuje "mikrobiom" a "mikrobiota", které označují buď kolektivní genomy mikroorganismů žijících v určité environmentální nice, nebo mikroorganismy samotné. Podle původních definic jsou však tyto termíny do značné míry synonyma.
Některé z těchto organismů jsou pro člověka užitečné. Většina z nich však nemá žádný známý účinek. Jsou to jen symbionti: žijí s námi. Ty, u nichž se předpokládá, že budou přítomny, jsou členy běžné flóry. Za normálních okolností nezpůsobují onemocnění, ale dokonce mohou našemu zdraví pomáhat. Studie z roku 2009 si kladla otázku, zda naše zdraví nepoškodíme, pokud tuto biotu snížíme. To je jistě případ střevní flóry.
Ačkoli se "flóra" vztahuje spíše na rostliny než na bakterie, termín "střevní flóra" je široce používaný a biologům známý. "Biota" označuje celkový soubor organismů v ekosystému. Termín "mikrobiota" je nejvhodnější pro bakterie a další mikroorganismy, ale bezpochyby se bude často používat i termín "flóra".
Probírané mikroby jsou obecně nepatogenní (nezpůsobují onemocnění, pokud se abnormálně nerozvíjejí); existují v harmonii a symbióze se svými hostiteli.
Vědci zjistili, že velkou část populace mikrobů v lidském těle netvoří bakterie, ale velmi stará třída jednobuněčných organismů zvaných archea. Patří mezi ně metanogeny, které produkují metan a mohou způsobovat plynatost.
