První osadníci přijeli v zimě roku 1836 z okresu Harris v Georgii. Vůdcem těchto osadníků byl soudce John J. Harper. Chtěli vybudovat město, které by se stalo náboženským a vzdělávacím centrem této oblasti.
První oficiální zmínka o Auburnu pochází z 2. února 1839. V té době se rozkládal na ploše 2 čtverečních mil (5,2 km2). V té době zde byly postaveny metodistický a baptistický kostel a také škola. V polovině čtyřicátých let 19. století byly kromě základní školy založeny i různé chlapecké a dívčí akademie. V roce 1858 bylo z přibližně 1 000 svobodných obyvatel Auburnu asi 500 studentů.
V roce 1856 povolil státní zákonodárný sbor vybudovat v Auburnu metodistickou vysokou školu East Alabama Male College. Tato vysoká škola, nyní Auburn University, byla otevřena v roce 1859. Nabízela klasické a liberální vzdělání.
Po vypuknutí občanské války v roce 1861 se Auburn rychle vylidnil. Všechny školy a většina podniků byly uzavřeny. V Auburnu byla zřízena nemocnice pro vojáky Konfederace z Texasu.
Po občanské válce se Auburn ocitl v dlouhé krizi. Veřejné školy byly znovu otevřeny až v polovině 70. let 19. století. Většina podniků zůstala zavřená. V 60. a 70. letech 19. století vypálila centrum města řada požárů. V roce 1872 byla East Alabama Male College předána státu.
v 1892, vysoká škola se stala první čtyřletá vysoká škola v Alabamě, kde ženy mohou studovat. To v kombinaci s novým financováním podniků umožnilo, aby se město začalo znovu rozvíjet. Do roku 1910 se počet obyvatel Auburnu vrátil na předválečnou úroveň. Pozornost a podporu Auburnu přineslo vítězství fotbalového týmu Auburn College v konferenci SIAA. To pomohlo naplnit městskou pokladnu.
Se vstupem Ameriky do druhé světové války začaly do Auburnu opět proudit peníze. Auburnský kampus se proměnil ve výcvikové středisko pro technické specialisty ozbrojených sil. Po válce Auburn zaplavili vojáci, kteří se v rámci programu G.I. Bill vraceli do školy.
Díky tomuto nárůstu počtu studentů začal Auburn růst, který trval po celá 50. a 60. léta 20. století. Auburn se rozrostl i mimo původní hranice města. Auburn se rozrostl na plochu téměř 24 čtverečních mil (62 km2). V roce 1957 byla zahájena výstavba dálnice Interstate 85. Ta spojila Auburn s velkými městy státu. To umožnilo Auburnské univerzitě naplánovat více domácích fotbalových zápasů v Auburnu. To také podpořilo rozvoj cestovního ruchu v Auburnu.
V 70. letech se růst poněkud zpomalil. Řada rozpočtových škrtů jasně ukázala, že ekonomická koncentrace Auburnu na Auburnskou univerzitu staví město do špatné pozice.
Řada zpráv z 80. a 90. let minulého století zařadila auburnský veřejný školský systém mezi nejlepší ve státě. Mezi lety 1980 a 2003 vzrostl počet obyvatel Auburnu o 65 %. Ekonomika Auburnu se rozšířila o 220 %. S růstem přišly problémy s rozrůstáním města. To se stalo hlavním politickým problémem Auburnu na přelomu 21. století.
