Bonao se nachází v údolí Bonao v centru Dominikánské republiky. Má celkovou rozlohu 142,8 km2 (55,1 km²). Má pět městských obvodů (městský obvod je dílčí část obce); jsou to Arroyo Toro-Masipedro, Jayaco, Juma Bejucal, La Salvia-Los Quemados a Sabana del Puerto.
Nadmořská výška města Bonao je 83 m.
Obec Bonao sousedí na severu a západě s provincií La Vega, na východě s provincií Sánchez Ramírez, na jihovýchodě s obcí Maimón, na jihu s obcí Piedra Blanc a na jihozápadě s provincií San José de Ocoa.
Město leží v blízkosti řeky Yuna, jedné z nejdůležitějších řek ostrova Hispaniola, která pramení na východní straně pohoří Cordillera Central (Centrální pohoří). Protéká údolím Bonao a dále údolím Cibao a vlévá se do zálivu Samaná.
V blízkosti Bonao se nacházejí další menší řeky, přítoky řeky Yuna.
Klima
Bonao má tropické vlhké podnebí (Köppen-Geigerova klasifikace: Af) bez suchého a chladného období, protože je trvale vlhké (srážky během celého roku).
Průměrný roční úhrn srážek ve městě je 2 216,2 mm. Měsícem s největším množstvím srážek je v průměru květen s 333,3 mm srážek, následuje říjen s 251,8 mm srážek.
Nejsušším obdobím je zima. Měsícem s nejmenším průměrným množstvím srážek je leden s průměrnou hodnotou 107,2 mm, následuje únor s průměrnou hodnotou 108,3 mm.
| Klimatické údaje pro Bonao (1961-1990) |
| Měsíc | Jan | Únor | Mar | Duben | Květen | Jun | Jul | Aug | Září | Říjen | Nov | Prosinec | Rok |
| Průměrná nejvyšší teplota °C (°F) | 29.5 (85.1) | 29.9 (85.8) | 30.8 (87.4) | 31.3 (88.3) | 31.7 (89.1) | 32.9 (91.2) | 33.0 (91.4) | 33.0 (91.4) | 33.1 (91.6) | 32.6 (90.7) | 31.2 (88.2) | 29.5 (85.1) | 31.5 (88.8) |
| Průměrná nejnižší teplota °C (°F) | 18.1 (64.6) | 18.1 (64.6) | 18.7 (65.7) | 19.5 (67.1) | 20.1 (68.2) | 20.9 (69.6) | 21.1 (70.0) | 21.0 (69.8) | 20.6 (69.1) | 20.3 (68.5) | 19.6 (67.3) | 18.7 (65.7) | 19.7 (67.5) |
| Průměrné srážky mm (palce) | 107.2 (4.22) | 108.3 (4.26) | 117.7 (4.63) | 204.1 ( 8.04) | 333.3 (13.12) | 138.8 (5.46) | 176.3 (6.94) | 203.9 (8.03) | 180.2 (7.09) | 251.8 ( 9.91) | 248.2 (9.77) | 146.4 (5.76) | 2,216.2 (87.23) |
| Zdroj: NOAA |