Na území dnešního Tádžikistánu se žilo již 4000 let před naším letopočtem. V průběhu dějin byla pod nadvládou různých říší, především perské.
V roce 800 přišel do Tádžikistánu islám.
V roce 1868 se Tádžikistán stal ruskou kolonií. Později se stal součástí Sovětského svazu.
9. září 1991, po dlouhém období masových protestů proti sovětské vládě, vyhlásil parlament Tádžikistánu nezávislost na Sovětském svazu a uspořádal první prezidentské volby.
Jejím prezidentem se stal Rahmon Nabijev, který vedl zemi za Sovětského svazu na přelomu 70. a 80. let. V zemi se mu nepodařilo uskutečnit žádné tolik potřebné reformy, a tak se v hlavním městě Dušanbe konaly protesty. Vláda reagovala uspořádáním provládní demonstrace, kterou tvořili především staří členové komunistické strany a lidé z jihovýchodu země přivezení do města. Protivládní protesty neustávaly, a tak vláda provládním demonstrantům rozdala zbraně. Opozice se pak ozbrojila sama.
Poté vypukla krvavá občanská válka. V ní všechny nové demokratické strany, politické organizace a hnutí spolu s politickými islámskými hnutími vytvořily alianci, která se postavila proti staré komunistické vládě a jižanům.
Po útocích z 11. září 2001 přišlo do země mnoho amerických a francouzských vojáků.