Prehistorické
Archeologický výzkum odhalil na základě důkazů v jeskyni Liang Sarru na ostrově Salibabu známky lidského života na Severním Sulawesi již před 30 000 lety. Další důkazy ukazují na život zhruba před 6 000 lety na lokalitě Passo Hillside Site v okrese Kakas a před 4 000 lety až počátkem našeho letopočtu v jeskyni Liang Tuo Mane'e v Arangkaa na ostrově Karakelang.
Rané období
Koloniální období
Na konci 16. století dorazili na Severní Sulawesi Portugalci a Španělé. Portugalsko bylo prvním západním státem, který na Severní Sulawesi dorazil. Portugalská loď přistála v Manadu Sultanát Maguindanao v té době ovládal severní ostrovy. Portugalci postavili pevnost v Amurangu.
Španělská loď zakotvila na ostrově Talaud a Siau, na Ternate. Španělsko postavilo v Manadu pevnost, od té doby začala Minahasa patřit Španělsku. Odpor proti španělské okupaci vyvrcholil v letech 1660-1664.
Holandská loď přistála ve městě Manado v roce 1660, aby pomohla v boji konfederace Minahasa proti Španělsku. Republikánské sdružení Spojených národů sdružující členy Minahaské konfederace uzavřelo s VOC obchodní dohodu. Díky této dohodě o obchodní spolupráci si pak VOC monopolizovala obchod a postupně začala prosazovat svou vůli, což nakonec vedlo k odporu v Ratahanu v roce 1700, který vyvrcholil nizozemskou válkou o Minahasu v letech 1809-1811 v Tondanu.
Španělé již kolonizovali Filipínské ostrovy. Z Minahasy udělali kávovou plantáž. Španělsko udělalo z Manada centrum obchodu s kávou pro čínské obchodníky. Některé minahaské kmeny pomohly Španělsku v 50. letech 15. století dobýt portugalskou pevnost v Amurangu. Španělští kolonisté pak v Manadu postavili pevnost. Nakonec Španělsko ovládlo celé Minahaso.
V 16. století byla v Manadu jedna z prvních indoevropských komunit na souostroví. Prvním králem Manada byl Muntu Untu (1630). Byl napůl španělského původu. Španělsko později ve smlouvě darovalo Minahasu Portugalcům výměnou za 350 000 dukátů. Vládci Minahasy vyslali Supita, Pa'ata a Lontoha, aby bojovali s Nizozemci a vytlačili Portugalce z Minahasy. V roce 1655 se jim to podařilo. V roce 1658 postavili vlastní pevnost a o několik let později vytlačili poslední Portugalce.
Na začátku 17. století svrhli Holanďané sultanát Ternate. Začali snižovat moc Španělska a Portugalska na souostroví. V roce 1677 Nizozemci dobyli souostroví Sangir. O dva roky později navštívil Manado Robert Padtbrugge, guvernér Maluku. Uzavřel dohodu s náčelníky Minahasanů. To umožnilo Nizozemcům dominovat po dalších 300 let. Přímá vláda Nizozemců však začala až v roce 1870. Nizozemci pomohli sjednotit konfederaci Minahasa. V roce 1693 dosáhli Minahňané vojenského vítězství nad kmenem Mongondow na jihu. Vliv Nizozemců vzrostl a v Minahase se rozšířilo křesťanství a evropská kultura. Misionářské školy v Manadu v roce 1881 byly jedním z prvních pokusů o masové vzdělávání v Indonésii. Absolventi těchto škol mohli najít práci jako státní úředníci, v armádě a ve vládě Nizozemské východní Indie. Vztahy Minahasy s Nizozemci byly často špatné. V letech 1807 a 1809 došlo k válce mezi Nizozemci a Tondany. Území Minahasy se dostalo pod přímou nizozemskou správu až v roce 1870. Nakonec se však Nizozemci a Minahasa velmi sblížili. Proto se Minahasa často nazývala 12. nizozemskou provincií. Ještě v roce 1947 se v Manadu zformovalo politické hnutí Twapro, zkratka pro Twaalfde Profincie (Dvanáctá provincie), které chtělo formální začlenění Minahasy do Nizozemského království.
Nezávislost
Japonci okupovali oblast v letech 1942 až 1945. bylo to období strádání a spojenecká vojska v roce 1945 Manado značně bombardovala. V následujícím období nezávislosti došlo k rozkolu mezi proindonéským a proholandským Minahasem. Jmenováním Sama Ratulangiho prvním guvernérem Východní Indonésie se pak podařilo získat podporu Minahasy Indonéské republice. Po získání indonéské nezávislosti je Indonésie rozdělena na 8 provincií a Sulawesi je jednou z nich. Prvním guvernérem Sulawesi byl S. G. J. Ratulangi, známý také jako národní hrdina. V roce 1948 vznikl na Sulawesi stát Východní Indonésie, který se později stal jedním ze států v rámci Spojených států indonéských. Stát Východní Indonésie byl zrušen a začleněn do Indonéské republiky. Na základě zákona číslo 13 z roku 1964 vznikla provincie Severní Sulawesi. Za výročí vzniku provincie byl označen 14. srpen 1959.
V březnu 1957 požadovali vojenští představitelé Severního a Jižního Sulawesi větší svobodu od Jávy. Chtěli aktivnější rozvoj, spravedlivé rozdělování peněz z daní a pomoc proti povstání Kahara Muzakara na Jižním Sulawesi. Chtěli ústřední vládu vedenou rovným dílem Sukarnem i Hattou. Hnutí "Permesta" (Charta boje za vesmír) bylo zpočátku spíše jen reformním než separatistickým hnutím.
Vyjednávání mezi ústřední vládou a vojenskými představiteli Sulawesi zabránilo násilnostem v Jižním Sulawesi, ale vůdci Minahasanu nebyli s výsledkem dohody spokojeni a hnutí vypuklo. V obavách z nadvlády jihu vyhlásili vůdci Minahasanu v červnu 1957 vlastní autonomní stát Severní Sulawesi. V té době centrální vláda kontrolovala Jižní Sulawesi, ale na severu nebyly žádné silné postavy centrální vlády a kolovaly zvěsti, že Spojené státy vyzbrojují povstání na severní Sumatře, které má také vazby na vůdce Minahasanu.
Možnost zahraniční intervence přiměla ústřední vládu požádat o vojenskou pomoc z jižního Sulawesi. Permestské síly byly později staženy ze Středního Sulawesi, Gorontala, Sangiru a Morotai na Maluku. Letadla Permesta (dodaná USA a pilotovaná filipínskými, tchajwanskými a americkými piloty) byla zničena. USA pak pokračovaly dál a v červnu 1958 se v Minahase vylodila ústřední vládní armáda. Povstání Permesta skončilo v polovině roku 1961.
Povstání na Sumatře a Sulawesi selhala. Dokonce pomohly vytvořit to, co nechtěly, protože centrum reagovalo na hrozbu povstání. Autorita centrální vlády se zvýšila, zatímco regionální autonomie se oslabila. Posílil radikální nacionalismus. Moc komunistické strany a Sukarna vzrostla, zatímco Hatta oslabil. Sukarno nakonec v roce 1958 zavedl řízenou demokracii.
Od reforem v roce 1998 začala indonéská vláda přijímat zákony, které posilují regionální autonomii, což je hlavní myšlenka, za kterou Permesta bojuje.