Jednomístné vozy
V roce 1986 byla v Japonsku zavedena formule 3000. Společnost Mugen se spojila s firmou Honda a společně postavily motor F3000. Ten byl představen v sezóně 1987 a pronajat 14 týmům. V roce 1988 získala společnost Mugen čtyři z pěti prvních míst v japonském šampionátu F3000. V roce 1989 vstoupila společnost Mugen do evropského šampionátu F3000 s motorem MF308. S Jeanem Alesim na voze Reynard vyhráli šampionát. Ve stejném roce společnost vyrobila vlastní prototyp motoru 3,5 l V8 pro formuli 1 s kódovým označením MF350.
V roce 1988 začala společnost Mugen ladit motory Honda pro použití ve Formuli 3. S Akihikem Nakajou vyhráli japonskou sérii a v roce 1990 rozšířili své působení do Evropy. Společnost Mugen vyhrála své první evropské šampionáty Formule 3. Získala francouzský titul s Ericem Hélarym a britskou korunu s Mikou Häkkinenem. Titul získali také v roce 1991 s Rubensem Barrichellem.
Formule 1
V roce 1991 vyráběla společnost Mugen motory Honda V10 pro společnost Tyrrell. V roce 1992 byl motor přejmenován na Mugen MF351H. Tento motor používal tým Footwork v letech 1992 a 1993.
V roce 1994 přešel Mugen do týmu Lotus s novým vozem Lotus 109. Tým byl podfinancovaný a podvozek 109 přišel se zpožděním. Vůz a jeho motor získal jediný bod. Na konci roku Lotus ukončil činnost.
V roce 1995 přešel Mugen k týmu Ligier. V roce 1996 Mugen vyhrál svůj první závod Formule 1. S motorem o objemu 3,0 l a kódovým označením MF301H zvítězil ve Velké ceně Monaka 1996 s Olivierem Panisem za volantem.
V roce 1997 převzal Ligier Alain Prost a přejmenoval jej na Prost Grand Prix. Když Prost v roce 1998 změnil motory Peugeot, Mugen uzavřel dvouletou dohodu s Jordan Grand Prix. V sezóně 1998 skončili Damon Hill a Ralf Schumacher na 1. místě v závodě Spa-Francorchamps.
V roce 1999 Heinz-Harald Frentzen dvakrát zvítězil a Jorden skončil v šampionátu konstruktérů na třetím místě. V roce 2000 oznámila společnost Honda Motor Company, že se vrací do Formule 1. Honda měla v roce 2000 dodávat vlastní motory týmu British American Racing. Na konci sezóny 2000 se společnost Mugen z F1 stáhla.
Závody sportovních vozů
V roce 1998 vstoupila společnost Mugen do závodů sportovních vozů. Postavila několik závodních vozů NSX. V roce 2000 se tým Mugen/Dome stal šampionem.
V roce 2001 vyhrál Mugen NSX v JGTC dva závody. V červnu společnost oznámila nový osmiválec 4,0 l. Model MF408S byl postaven pro hlavní třídu prototypů v závodech 24 hodin Le Mans a American Le Mans Series.