Jednovaječná dvojčata jsou geneticky téměř totožná a jsou vždy stejného pohlaví, pokud během vývoje nedošlo k mutaci. Jednovaječná dvojčata mají vždy odlišné fenotypy. Dvojčata mohou projevovat různé pohlavní fenotypy, obvykle z nerovnoměrně rozdělené zygoty s XXY Klinefelterovým syndromem.
Ačkoli jsou jednovaječná dvojčata geneticky téměř identická, studie z roku 2012, která se týkala 92 párů jednovaječných dvojčat, zjistila, že jednovaječná dvojčata získávají stovky genetických rozdílů již v raném stádiu vývoje plodu. To je způsobeno mutacemi (nebo chybami kopírování), které se objevují v DNA každého dvojčete po rozdělení embrya. Jiná studie z roku 2018 na 450 párech jednovaječných dvojčat ukázala, že se často (v 87 %) obě dvojčata lišila v sexualitě. studie také ukázala, že pokud se jedno dvojče vdalo před 40. rokem, druhé se pravděpodobně také vdalo před 40. rokem.
Odhaduje se, že u jednovaječných dvojčat se v průměru vyskytuje asi 360 genetických rozdílů, které se objevily na počátku vývoje plodu.
Další příčinou rozdílů mezi jednovaječnými dvojčaty jsou epigenetické změny. Ty jsou způsobeny rozdílnými vlivy prostředí v průběhu jejich života, které ovlivňují, které geny se zapínají nebo vypínají. Studie 80 párů jednovaječných dvojčat ve věku od tří do 74 let ukázala, že nejmladší dvojčata mají relativně málo epigenetických rozdílů. Počet epigenetických rozdílů se zvyšuje s věkem. Padesátiletá dvojčata měla více než třikrát větší epigenetické rozdíly než tříletá dvojčata. Největší rozdíly měla dvojčata, která strávila svůj život odděleně (například dvojčata adoptovaná dvěma různými rodiči při narození). Některé charakteristiky se však s věkem dvojčat stávají podobnějšími, například IQ a osobnost. Tento jev ilustruje vliv genetiky na mnoho aspektů lidských vlastností a chování.