Přechodné fosilie (nebo chybějící články) jsou zkamenělé pozůstatky forem života, které vykazují znaky typické pro dvě odlišné skupiny. Může se jednat o vzácné fosilie, jako je Archaeopteryx, které vykazují rané znaky skupiny, jež se později rozšíří.
Zajímavá je vzácnost přechodných forem. Naznačuje, že nové formy ještě nejsou v ekologii své doby dominantní a jejich populace jsou relativně malé. Z toho vyplývá, že jejich fosílie budou vzácné. V solnhofenských vápencích, kde byl nalezen Archaeopteryx, je více příkladů pterosaurů několika rodů než protoptáků. V jurském období byli pterosauři ve vzduchu dominantní.
Ve spodní křídě je však situace opačná. Pterosauři jsou na ústupu a ve známých čínských ložiscích lagerstatten, jako je biota v Jeholu, se vyskytuje velké množství různých druhů ptáků. Spodnokřídoví ptáci jsou zřetelně podobnější ptákům a vlastnosti, které se u nich vyvinuly, jim umožnily obsadit niky biotopů, které byly doménou pterosaurů, nebo možná nebyly dříve vůbec využívány.
