Kmen je v biologii termín s více významy. Obecně jej lze rozumět jako větší taxonomickou kategorii (odpovídající anglickému phylum) i jako nižší jednotku pod druhem — tzv. strain. Toto dvojí použití vede k častým nedorozuměním, proto je důležité uvést kontext užití: taxonomie versus praktické označení geneticky nebo fenotypově odlišné skupiny jedinců.

Rozlišení významů

V systematice označuje české slovo „kmen“ vysokou úroveň nadřazenou třídě. Naopak v mikrobiologii a virologii „kmen“ (angl. strain) znamená populaci organismů odvozenou z jednoho původního jedince nebo izolátu, která se zachovává v kultuře nebo chovu. Pro přehlednost se často používají specifické termíny: typový kmen, divoký typ, mutantní kmen apod.

V mikrobiologii a virologii

V mikrobiologii se kmen získává izolací jediné buňky nebo kolonie a jejím rozmnožením do čisté kultury (např. na Petriho misce). Takový kmen může být uchováván v laboratoři nebo v sbírce kultur jako referenční. Ve virologii se srovnatelný postup používá při izolaci virových variant a jejich testování v buněčných kulturách nebo modelech hostitele.

Pro viry a bakterie jsou důležité rozdíly mezi kmeny z hlediska patogenity, rezistence k lékům a antigenicity. Epidemiologie sleduje šíření konkrétních kmenů a jejich proměn, například pomocí molekulárního typování nebo sekvenování genomu.

V rostlinách a zvířatech

V zahradnictví a šlechtění se někdy používá pojem kmen pro geneticky charakterizované linie rostlin nebo houbových kultur; v praxi se však častěji setkáte s termíny jako odrůda či linia. U laboratorních zvířat (myši, potkani) pojem označuje homozygotní inbrední linie, například známý laboratorní myší kmen C57BL/6 nebo jiné standardní linie používané ve výzkumu.

Metody, význam a použití

  • Izolace: streak plate, selektivní média, plaketová čistota u virů.
  • Ukládání: kryokonzervace a sbírky kmenů pro opětovné použití.
  • Použití: základ výzkumu, testování účinnosti léčiv, výroba vakcín, zemědělství.

Pro podrobný popis postupů a pravidel pojmenovávání lze odkázat na specializované zdroje v mikrobiologii, virologii a příslušných biobankách. Informace o standardních laboratorních kmenech a jejich vlastnostech bývají dostupné v databázích a sbírkách (referenční sbírky).

Stručně: význam slova „kmen“ závisí na kontextu. V taxonomii to je vysoká systematická kategorie, v experimentální a aplikované biologii označuje rozlišitelnou populaci pod druhem, která má praktický význam pro výzkum, zdravotnictví i zemědělství.