Molekulární chaperony jsou proteiny, které pomáhají velkým molekulám při skládání nebo rozkládání. Některé pomáhají sestavovat nebo rozkládat jiné makromolekulární struktury. Nevyskytují se v těchto strukturách, když tyto struktury plní své běžné funkce.

První protein, který se nazývá chaperon, pomáhá při sestavování nukleozomů ze složených histonů a DNA. Tyto montážní chaperony, zejména v jádře, skládají složené podjednotky do větších struktur, jako jsou buněčné organely.

Jednou z hlavních funkcí chaperonů je zabránit tomu, aby se polypeptidové řetězce a sestavené podjednotky slepily do shluků, které nejsou funkční. Některé chaperony jsou "holdázy", které působí na zastavení agregace. Jiné, nazývané "foldázy", pomáhají skládat proteiny, které to samy nedokážou. Takové proteiny porušují Anfinsenovo dogma.