Město Lecompton bylo založeno v roce 1854 na útesu na jižní straně řeky Kansas. Zpočátku se město jmenovalo "Bald Eagle", ale název byl změněn na Lecompton na počest Samuela Lecompteho, předsedy nejvyššího územního soudu. Na jaře roku 1855 se město stalo hlavním městem kansaského teritoria. Prezident James Buchanan vybral guvernéra a úředníky, kteří v Lecomptonu vytvořili vládní úřady. První poštovní úřad v Lecomptonu byl zřízen v září 1855.
Na podzim roku 1857 se v Constitution Hall sešel konvent. Vypracovali návrh slavné Lecomptonské ústavy, podle níž se měl Kansas stát otrokářským státem. Ústava byla po zuřivé celonárodní debatě zamítnuta a byla jednou z hlavních myšlenek debat Lincoln-Douglas. Spory přispěly k rostoucímu boji, který se stal občanskou válkou. Lecomptonská ústava zčásti neuspěla, protože ve volbách v roce 1857 měli kontrolu nad územním zákonodárným sborem odpůrci otroctví. Nový zákonodárný sbor se sešel v Constitution Hall a rychle se začal zbavovat prootrokářských zákonů.
Svobodní stoupenci se krátce na to pokusili hlasováním přesunout hlavní město teritoria do Minneoly v okrese Franklin v Kansasu, ale výsledný návrh zákona později zamítl guvernér kansaského teritoria James W. Denver a Jeremiah S. Black, generální prokurátor Spojených států, jej prohlásil za neplatný. Lecompton tak zůstal de iure hlavním městem teritoria. To platilo až do doby, než se 29. ledna 1861, kdy se Kansas stal státem, stala hlavním městem Topeka. Americká občanská válka začala 12. dubna 1861.