St. Louis Rams
Sezóna 1999
Warner byl v základní části sezóny 1998 a v předsezóně 1999 záložním zadákem týmu St.Louis Rams. Když se v předsezónním zápase zranil jejich hlavní rozehrávač Trent Green, stal se Warner rozehrávačem. Prožil jednu z nejlepších sezón mezi quarterbacky v historii NFL, když naházel 4353 yardů, předvedl 41 touchdownů a měl úspěšnost 65,1 %. Velmi dobrému útoku Rams se přezdívalo "Největší show na trávníku". V prvních třech zápasech, kdy byl hlavním rozehrávačem, který hrál, hodil v každém zápase tři touchdownové přihrávky. Je jediným quarterbackem NFL v historii, kterému se to podařilo, a teprve druhým po Danu Marinovi, kterému se to podařilo v prvních dvou startech v NFL.
Protože málokdo věděl, kdo Warner je, časopis Sports Illustrated ho 18. října 1999 umístil na obálku s titulkem "Kdo je tenhle chlap?". Na konci sezóny byl jmenován nejlepším hráčem NFL za rok 1999. V play-off NFL dovedl tým Rams k vítězství v Super Bowlu XXXIV proti Tennessee Titans. Hodil dva touchdowny a rekordních 414 přihrávkových yardů v Super Bowlu. Vytvořil také rekord Super Bowlu, když hodil 45 přihrávek bez přerušení.
Hned po vítězství Rams v Super Bowlu se jeden z tazatelů zeptal Warnera: "Kurte, nejdřív mi řekni o závěrečném touchdownu Isaacovi." Odpověděl: "No, nejdřív musím poděkovat svému Pánu a Spasiteli nahoře - děkuji ti, Ježíši!" Byl oceněn jako nejužitečnější hráč Super Bowlu. Stal se tak jedním z pouhých šesti hráčů, kteří ve stejném roce získali ocenění MVP ligy i MVP Super Bowlu. Dalšími jsou Bart Starr v roce 1966, Terry Bradshaw v roce 1978, Joe Montana v roce 1989, Emmitt Smith v roce 1993 a Steve Young v roce 1994.
Sezóna 2000
Warner hrál dobře i v sezóně 2000. Warner i Trent Green hráli v této sezóně jako rozehrávači a oba hráli dobře. Ale Rams prohráli v kole play-off s New Orleans Saints, a to hlavně proto, že jejich obrana nebyla příliš dobrá, i když Warner a zbytek útoku byl stále velmi dobrý. Devět z jedenácti obránců Rams bylo po sezóně propuštěno a Green byl vyměněn do týmu Kansas City Chiefs.
Sezóna 2001
Warner hrál v sezóně 2001 velmi dobře. Dosáhl 36 touchdownů a 4 830 yardů, přičemž jeho úspěšnost přihrávek činila 68,7 %. Dovedl tým Rams k nejlepšímu výsledku NFL 14-2 a tým postoupil do Super Bowlu XXXVI, kde však prohrál s New England Patriots. Na konci sezóny byl podruhé vyhlášen nejlepším hráčem NFL.
Sezóny 2002 a 2003
Warner zahájil sezónu jako startér s bilancí 0-3, když hodil sedm intercepcí a pouze jeden touchdown. Ve čtvrtém zápase proti Dallas Cowboys si zlomil prst na házející ruce. I když se později v sezoně snažil vrátit, zranění způsobilo, že mohl odehrát ještě dva zápasy a oba prohrál. Oproti jeho 103,4 passer ratingu v kariéře před touto sezónou měl v roce 2002 pouze 67,4 ratingu. Na pozici hlavního quarterbacka Rams byl nahrazen poté, co v úvodním zápase sezóny 2003 proti New York Giants šestkrát chyboval. Jeho nástupce na pozici quarterbacka Rams, Marc Bulger, byl dvakrát jmenován do Pro Bowlu.
New York Giants
Berani propustili Warnera 1. června 2004. O dva dny později podepsal dvouletou smlouvu s New York Giants. Sezonu 2004 zahájil jako hlavní quarterback. Vyhrál pět z prvních sedmi zápasů, ale poté, co se mu v sérii dvou proher nedařilo, se hlavním quarterbackem stal nováček Eli Manning. Trenér Giants Tom Coughlin později prohlásil, že Warnera nikdy neměl nechat hrát a měl hrát Manninga od začátku, aby mu dal zkušenosti, které potřebuje k získání sebedůvěry. V době, kdy Manning začal hrát, měli Giants bilanci 5-4 výher a proher a celkově skončili na 6-10 (pod Manningem pouze 1-6).
Arizona Cardinals
Sezóna 2005
Na začátku roku 2005 podepsal Warner roční smlouvu na 4 miliony dolarů s Arizonou Cardinals. Trenér Dennis Green ho brzy jmenoval hlavním rozehrávačem. Než si poranil třísla, odehrál špatně tři zápasy. Poté byl nahrazen bývalým startérem Joshem McCownem. McCown hrál během Warnerova zranění ve dvou zápasech natolik dobře, že trenér Green jmenoval McCowna startérem do konce sezony.
Protože byl Warner záložním rozehrávačem, mnoho lidí si myslelo, že už nikdy nebude hlavním rozehrávačem. Ale protože McCown hrál ve dvou zápasech v řadě špatně, trenér Green udělal hlavním rozehrávačem Warnera. V následujících třech týdnech hrál dobře, ale v 15. týdnu jeho sezona skončila, když si částečně přetrhl křížový vaz.
Sezóna 2006
Warner podepsal 14. února 2006 s Cardinals novou tříletou smlouvu. Smlouva měla základní plat 18 milionů dolarů, ale pokud by hrál dobře, mohl by během tří let získat až 22 milionů dolarů.
Ve 3. týdnu sezóny 2006 překročil Warner ve svém 76. zápase hranici 20 000 yardů. To bylo o jeden zápas více než rekordman Dan Marino, ale Warnerovi se to podařilo v devátém roce, zatímco Marinovi v pátém. Poté, co Matt Leinart hrál ve třech zápasech ve 2.-4. týdnu špatně, nahradil Warner nováčka Leinarta ve čtvrté čtvrtině 4. týdne. V 16. týdnu proti San Franciscu 49ers si Leinart poranil rameno, takže Warner mohl hrát poprvé od 4. týdne. V tomto zápase si vedl dobře a Cardinals vyhráli.
Sezóna 2007
Ve třetím zápase sezóny 2007 proti Baltimore Ravens nastoupil Warner, protože Leinart opět nehrál dobře. Vedl comeback a z 20 pokusů dokončil 15 přihrávek na 258 yardů a 2 touchdowny. Díky tomu se podařilo dotáhnout zápas do remízového stavu (23:23), ale poté, co Ravens v poslední sekundě vstřelili gól, Arizona prohrála 26:23. Dne 30. září 2007 během zápasu 4. týdne proti Pittsburghu Steelers nastoupil místo Leinarta, protože ten opět nehrál dobře. Leinart byl později zařazen na listinu zraněných hráčů, a tak byl Warner jmenován startérem do konce sezóny 2007.
Warner v sezóně 2007 získal 27 touchdownů, což je jen o jeden méně než rekord Cardinals. Protože hrál dobře, dostal za rok prémii 1 milion dolarů. Jeho 3 417 přihrávkových yardů, 27 touchdownů a 89,8 passer ratingu byly jeho nejlepšími výsledky od sezóny 2001.
Sezóna 2008/play-off
Matt Leinart byl jmenován Cardinals startér jít do off-season pro 2008, ale Ken Whisenhunt řekl, že se může stát, že Warner se stane Cardinals' startér před začátkem sezóny. Warner byl jmenován startérem 30. srpna 2008. V této sezóně měl Warner velmi dobrou sezónu a 16. prosince 2008 byl jmenován startovním quarterbackem týmu NFC v Pro Bowlu 2009. Warner a tým Cardinals vyhráli všechny tři zápasy play-off, ale v Super Bowlu prohráli s týmem Pittsburgh Steelers. Warner tak má v Super Bowlu bilanci 1:2. James Dobson, startér organizace Focus on the Family, Warnera podporoval a 30. ledna 2009 dokonce přehrál rozhlasový klip s Warnerem a jeho ženou.