První funkční období
Jednou z prvních Howardových iniciativ bylo sjednocení vlád australských států a zavedení zákazu držení zbraní v Austrálii. Tento krok přišel po masakru v Port Arthuru v Tasmánii v roce 1996, kdy bylo rukou střelce zabito 35 lidí a dalších 37 zraněno. V roce 1998 šel Howard se svým ministrem financí Peterem Costellem do voleb s velkou daňovou reformou (GST) a zvítězil.
Druhé funkční období
V roce 1999 uspořádala vláda Johna Howarda referendum o tom, zda by se Austrálie měla stát republikou a mít místo královny prezidenta. John Howard však referendum nepodpořil a vyzval lidi, aby hlasovali proti. Opoziční Australská strana práce vedená Kimem Beazleym kritizovala postup Johna Howarda při řešení sporu o australské nábřeží v roce 1998.
V roce 1999 vedl Howard jednotky OSN na Východním Timoru (INTERFET), aby jim pomohl nastolit nezávislou demokracii.
Třetí funkční období
Po útocích z 11. září se John Howard zabýval světovými problémy. Byl si blízký s Georgem W. Bushem, který stál v čele Spojených států. George Bush označil Johna Howarda za "klíčového spojence". John Howard vyslal vojáky SAS do Afghánistánu a Iráku, aby podpořili Spojené státy, a podepsal se Spojenými státy dohodu o volném obchodu. Navzdory tomuto spojenectví zůstala Austrálie v otázce Izraele a Palestiny poměrně neutrální.
Stejně jako před Howardem se australský obchod s Asií v době, kdy byl v čele země John Howard, zvýšil. Poprvé pozval čínského vůdce Chu Ťin-tchaa, aby promluvil v australském parlamentu. Po tsunami na Boxing Day v roce 2004 John Howard zavolal indonéskému prezidentovi a nabídl mu miliardu dolarů na pomoc. John Howard hodně zvýšil imigraci a do Austrálie přicházeli lidé z celého světa, ale snažil se zastavit lodě s lidmi, kteří přijížděli bez předchozí žádosti o vízum.
Čtvrté funkční období
V roce 2005 usnadnil šéfům zbavování se zaměstnanců zavedením kontroverzní průmyslové legislativy WorkChoices, kterou představil jeho ministr pro pracovní vztahy Kevin Andrews. To lidi rozčílilo a Labouristická strana se stala populárnější. Dne 24. listopadu 2007 vyhrál Kevin Rudd volby a John Howard přestal být premiérem. John Howard také přišel o své křeslo v parlamentu ve prospěch kandidátky Labouristické strany Maxine McKewové, bývalé novinářky televize ABC.