Koloběh dusíku je způsob, jakým se dusík v přírodě mění na mnoho různých forem, které jsou využívány živými organismy.

Vzduch obsahuje přibližně 78 % dusíku. Chemické látky obsahující dusík jsou nezbytné pro život. Dusík je nezbytnou součástí bílkovin, DNA a RNA. U rostlin je dusík potřebný pro fotosyntézu a růst. Živé organismy však elementární dusík obsažený ve vzduchu k těmto účelům využívat nemohou. K přeměně dusíku ve vzduchu (N2) na formy využitelné pro život je nutná fixace dusíku. Většinu fixace dusíku provádějí mikroorganismy zvané bakterie. Tyto bakterie mají enzym, který spojuje N2 s plynným vodíkem (H2) za vzniku amoniaku (NH3).

Některé z těchto bakterií žijí v kořenech rostlin (především luštěnin). V těchto kořenech vytvářejí pro rostlinu amoniak a rostlina jim za to poskytuje sacharidy. Jiné rostliny odebírají dusíkaté sloučeniny z půdy prostřednictvím svých kořenů. Veškerý dusík u živočichů pochází z konzumace rostlin.

Amonium (NH4) v půdě vytvářejí bakterie vázající dusík a rozkladači, tedy bakterie a houby, které rozkládají odumřelý život na jeho části. Tento proces se nazývá amonifikace. Amonium má kladný náboj. Snadno se v půdě spojuje s jílem a humusem. Amoniak a amonium jsou jedovaté pro ryby a další živočichy. Splaškové a jiné odpadní vody se kvůli tomu pravidelně měří. Pokud je hladina amoniaku příliš vysoká, musí dojít k nitrifikaci.

Nitrifikace je oxidace amoniaku a amoniaku na dusitany (NO2-) a následně na dusičnany (NO3-) bakteriemi. Protože dusitany a dusičnany mají záporný náboj, nesnadno se spojují s půdou a při dešti a zavlažování se z půdy vyplavují. Vysoký obsah dusičnanů v pitné vodě je pro děti škodlivý a může způsobit syndrom modrého dítěte. Vysoké hladiny dusičnanů mohou také způsobit nadměrný růst řas v jezerech a bazénech. Tato eutrofizace může být škodlivá pro ryby a další vodní živočichy. Používání hnojiv je z tohoto důvodu kontrolováno.

Tam, kde není k dispozici kyslík, některé bakterie přeměňují dusičnany na plynný dusík (N2), aby získaly energii. Tím se znovu spustí koloběh dusíku. Tento proces se nazývá denitrifikace.