Na počátku 50. let vyučoval na École Normale. Poté začal vyučovat psychologii na univerzitě v Lille. V roce 1954 vydal Foucault svou první knihu Maladie mentale et personnalité. V polovině 50. let působil na Varšavské univerzitě a na univerzitě v Hamburku.
V roce 1960 se vrátil do Francie a stal se profesorem filozofie na univerzitě v Clermont-Ferrand. V polovině 60. let se Foucault přestěhoval se svou milenkou do Tunisu (v severní Africe) a získal místo učitele na tuniské univerzitě. V roce 1966 vydal knihu Les Mots et les choses (Řád věcí), která byla velmi populární. V roce 1968 se vrátil do Francie, kde vydal knihu L'archéologie du savoir (Archeologie vědění).
Na konci 60. let, po velkých studentských protestech a nepokojích ve Francii, vytvořila francouzská vláda novou experimentální univerzitu ve Vincennes. Foucault se stal prvním vedoucím její katedry filozofie. Foucault se připojil ke studentům, kteří obsadili správní budovy a bojovali s policií.
V roce 1970 se Foucault stal profesorem dějin myšlenkových systémů na Collège de France. Jeho politická angažovanost nyní vzrostla. Jeho milenka Defertová se připojila k ultramaoistickému hnutí Gauche Proletarienne (GP). Foucault poté napsal knihu Surveiller et Punir (Disciplinovat a trestat) o věznicích a školách.
