Pramen řeky Yaque del Norte se nachází v nadmořské výšce 2 580 m na hoře Pico del Yaque v centrální části pohoří Cordillera Central.
V tomto místě se však řeka nazývá Los Guanos nebo Río de la Derecha ("Řeka napravo"). Název Yaque del Norte se používá pouze tehdy, když se tato malá řeka spojí s další malou řekou Los Tablones neboli Río de la Izquierda ("Řeka vlevo") v Manabao, západně od Jarabacoa, v nadmořské výšce 900 m.
Od Manabaa teče řeka na východ, přes severozápadní část provincie La Vega. Po dosažení města Jarabacoa se stáčí na sever, do Santiaga. V Jarabacoa se do ní vlévá řeka Jimenoa, jediný významný pravostranný přítok Yaque del Norte.
V Santiagu de los Caballeros se řeka stáčí na severozápad a protéká údolím Yaque del Norte, západní částí údolí Cibao.
Ústí do zálivu Montecristi jižně od města San Fernando de Monte Cristi u Atlantského oceánu.
Jeho nejdůležitějšími levostrannými přítoky jsou řeky Bao, Ámina, Mao a Guayubín.