Společnost Barnes & Noble vznikla v roce 1873, kdy si Charles Barnes otevřel ve městě Wheaton ve státě Illinois tiskárnu knih. První skutečné knihkupectví založil jeho syn William spolu s G. Cliffordem Noblem v roce 1917 v New Yorku. Původní knihkupectví se nacházelo na adrese West 15th St. 31 a bylo otevřeno během první světové války. V roce 1932, v době vrcholící velké hospodářské krize, bylo knihkupectví přestěhováno na současné místo na 18. ulici a Páté avenue.
V roce 1971 podnik koupil Leonard Riggio. Dohlížel na růst podniku. V roce 1974 se Barnes & Noble stal prvním knihkupectvím, které začalo inzerovat v televizi. O rok později se společnost stala prvním knihkupectvím v Americe, které zlevňovalo knihy. Prodávala tituly, které se staly bestsellery New York Times, se slevou 40 % z ceníkových cen vydavatelů. V 70. a 80. letech 20. století otevřela společnost Barnes & Noble menší diskontní prodejny. Ty byly nakonec postupně zrušeny ve prospěch větších obchodů. Začala také vydávat vlastní knihy pro zásilkový prodej. Většinou se jednalo o levné reedice titulů, které již nebyly vydávány. Jejich prodej prostřednictvím zásilkových katalogů umožnil společnosti Barnes & Noble oslovit nové zákazníky po celé zemi.
Společnost Barnes & Noble pokračovala v expanzi i v 80. letech. V roce 1987 koupila od Daytona Hudsona řetězec B. Dalton, který sídlil převážně v nákupních centrech. Poslední prodejny B. Dalton byly uzavřeny v lednu 2010. Koupí 797 knihkupectví se ze společnosti stal celonárodní maloobchodní řetězec. Na konci fiskálního roku 1999 byla druhým největším internetovým knihkupcem ve Spojených státech. Kritici společnosti B&N tvrdí, že přispěla k úpadku místních a nezávislých knihkupectví.
Poprvé začala prodávat knihy online koncem 80. let, ale webové stránky společnosti byly spuštěny až v květnu 1997. Nyní je na stránkách k dispozici více než 1 milion titulů.
V roce 2002 byl generálním ředitelem jmenován bratr Leonarda Riggia Stephen Riggio.
Steve Riggio, generální ředitel a místopředseda představenstva
Steve Riggio je místopředsedou společnosti a působil v představenstvu. Riggio zahájil svou kariéru ve společnosti Barnes & Noble v roce 1975 po absolvování Brooklyn College. Poté, co začal pracovat v odděleních nákupu a merchandisingu, se stal generálním ředitelem a viceprezidentem divize přímých zásilek společnosti. Tuto pozici zastával v letech 1981 až 1987. V roce 1987 se Riggio stal výkonným viceprezidentem pro merchandising. V roce 1995 byl jmenován provozním ředitelem. V lednu 2003 byl jmenován generálním ředitelem a tuto funkci zastával až do března 2010. Kromě své kariéry ve společnosti Barnes & Noble je Riggio členem správní rady Národní knižní nadace, Sdružení pro pomoc retardovaným dětem a Národní společnosti pro Downův syndrom. Podle serveru Forbes.com činí v roce 2007 Riggiův plat 786 358 dolarů ročně. Kromě toho vydělává 2 323 942 dolarů na dalších dlouhodobých platbách, celkem tedy ročně 3 110 480 dolarů.