Pontarlier je francouzská obec v departementu Doubs v regionu Bourgogne-Franche-Comté na východě Francie nedaleko hranic se Švýcarskem. Je subprefekturou departementu a zároveň hlavním městem arrondissementu Pontarlier.

Pontarlier je po Besançonu a Montbéliardu třetí obcí departementu podle počtu obyvatel.