Joséphine de Beauharnais koupila zámek v dubnu 1797 pro sebe a svého manžela, generála Napoléona Bonaparta. Budoucí francouzský král Napoléon I. byl v té době na cestách a bojoval v egyptském tažení. Malmaison bylo zpustlé panství, vzdálené sedm mil (12 km) západně od centra Paříže, které zahrnovalo téměř 150 akrů (0,61 km2 ) lesů a luk.
Když se Bonaparte vrátil z Egypta, zlobil se na Joséphine, že si koupila tak drahý dům. Očekávala, že si z egyptského tažení přiveze spoustu peněz. Za dům zaplatila hodně přes 300 000 franků a potřeboval rozsáhlou rekonstrukci. Za jeho opravu utratila spoustu peněz. Malmaison by Bonapartovým přinesl velké štěstí. Joséphinina dcera Hortense ho bude nazývat "lahodným místem".
Joséphine usilovně pracovala na přeměně rozsáhlého panství v "nejkrásnější a nejpodivuhodnější zahradu v Evropě". Chtěla, aby byla vzorem dobré kultivace". Pro zvelebení zahrady vyhledávala vzácné a exotické rostliny a zvířata. Joséphine napsala: "Přeji si, aby se Malmaison brzy stal zdrojem bohatství pro celou [Francii]"...
V roce 1800 nechala Joséphine postavit vytápěnou oranžerii, která byla dostatečně velká pro 300 rostlin ananasu. O pět let později nechala postavit skleník. Vytápělo se tuctem kamen na uhlí. Od roku 1803 do své smrti v roce 1814 poprvé ve Francii vypěstovala téměř 200 nových rostlin.
Pozemek se proslavil svou růžovou zahradou. Císařovna Joséphine nechala belgického umělce Pierra-Josepha Redouté (1759-1840) namalovat její růže (a lilie). Výtisky těchto děl se i dnes docela dobře prodávají. Vytvořila rozsáhlou sbírku růží. Rostliny sbírala na rodném Martiniku i na dalších místech světa. Pěstovala asi 250 odrůd růží. Z předmluvy k knize Jardin de la Malmaison (1803):
Shromáždila jste kolem sebe nejvzácnější rostliny rostoucí na francouzské půdě....a my si je prohlížíme v nádherných zahradách Malmaison, které jsou působivou připomínkou výdobytků vašeho slavného manžela...
Její zahradu začali zaplňovat ptáci a zvířata všeho druhu. Mohli se volně pohybovat po pozemku. Na vrcholu svého pobytu v Malmaison měla Joséphine společnost klokanů, emu, černých labutí, zeber, ovcí, gazel, pštrosů, kamzíků, lachtana, antilop a lam a dalších. Někteří z nich pocházeli z Baudinovy expedice.
Po rozvodu s Napoléonem získala Joséphine Malmaison do svého vlastnictví spolu s penzí ve výši 5 milionů franků ročně a zůstala zde až do své smrti v roce 1814. Po porážce v bitvě u Waterloo v roce 1815 se Napoléon do domu vrátil před svým vyhnanstvím na ostrov Svatá Helena.
V roce 1842 koupila Malmaison Marie Kristýna, vdova po španělském králi Ferdinandovi VII., která zde žila se svým druhým manželem Agustínem Fernandem Muñozem, 1. vévodou z Riánsares. V roce 1861 prodala Marie Kristýna majetek Napoleonovi III.
Malmaison byl na počátku 20. století zrekonstruován slavným francouzským architektem Pierrem Humbertem.