V červenci 1863 zažili obyvatelé Spojených států nejhorší nepokoje v historii země. V New Yorku vzbouřenci protestovali proti prvnímu americkému odvodu. Domnívali se, že tento odvod je nespravedlivý. Tížil chudé a bohatým umožňoval vykoupit se. Výtržníci zničili několik budov, včetně ústavu pro barevné sirotky, a lynčovali černochy na sloupech veřejného osvětlení. Během čtyř dnů nepokojů zemřelo 105 až 128 lidí.
Fosterovy písně se v měsících před nepokoji neprodávaly dobře. Jeho nejlepší dny jako písničkáře byly pryč. Jeho publikum se rozdělilo podle politických, ekonomických a rasových hledisek. V sobotu 9. ledna 1864 se Fosterovi udělalo špatně a šel brzy spát. Ubytoval se v chudém, ale slušném hotelu na Bowery. V neděli ráno promluvil se služkou u svých dveří, pak se otočil a upadl, přičemž rozbil kus nádobí, který mu poškrábal krk. Poslali pro něj jeho kamaráda George Coopera (který bydlel jen čtyři bloky odtud). Našel Fostera nahého v kaluži krve. Písničkář zašeptal: "Je se mnou konec," a požádal o pití.
Přijel lékař a ránu mu zašil. Foster byl obvázán a převezen na oddělení pro chudé v nemocnici Bellevue. V registru byl zapsán jako "dělník". Cítil se nepohodlně a nechutnalo mu jídlo. Dne 13. ledna jedl polévku, když vtom mrtvý omdlel. Jeho mrtvola byla uložena do rakve a převezena do nemocniční márnice. V jeho kapse bylo nalezeno několik mincí a útržek papíru s nápisem: "Milí přátelé a něžná srdce".
Příčina jeho smrti není známa. Pravděpodobně se jednalo o kombinaci alkoholismu, špatné stravy a ztráty krve, případně infarktu nebo mrtvice. O tělo se přihlásili Jane Fosterová a Stephenovi bratři Henry a Morrison a odvezli ho do Pensylvánie k pohřbu. Pohřební obřad se konal 21. ledna v episkopálním kostele Nejsvětější Trojice v Pittsburghu. Fosterovu rakev na hřbitově v Allegheny přivítala dechová kapela hrající jeho melodie. Byl pohřben v blízkosti svého otce a matky.
Jeho smrt nebyla ve většině novin zaznamenána. Deník New York Post však přirovnal jeho melodie k Donizettimu. The Round Table napsal, že Foster byl "amatérský autor", který sotva znal pravidla hudební kompozice. The Table však chválil jeho patos a humor.
Mnoho písní bylo po Fosterově smrti propagováno jako jeho poslední skladby. "The Voices That are Gone" (vydaná v roce 1865) a "Kiss Me Mother Ere I Die" (1869) jsou pravděpodobně skutečně jeho posledními díly. V srpnu 1864 koupil Bílou chalupu inženýr pruského původu a zboural ji.